关于质保金总包扣了百分之五是否违法的问题，不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律法规来分析。以下是从不同角度给出的详细解答：
合同约定优先：
- 在建设工程领域，质保金的扣除比例通常会在施工合同中明确约定。如果合同中明确规定了质保金的扣除比例为百分之五，并且这一约定不违反法律法规的强制性规定，那么总包按照合同约定扣除质保金就是合法的。
法律法规的强制性规定：
- 如果合同中没有明确约定质保金的扣除比例，或者约定的比例违反了法律法规的强制性规定，那么总包扣除质保金的行为就可能违法。例如，某些地区或行业可能有关于质保金扣除比例的上限规定，如果总包扣除的比例超过了这一上限，就可能构成违法。
- 此外，根据《建设工程质量保证金管理办法》等相关规定，质保金一般不得超过工程价款结算总额的3%（具体比例可能因地区或行业而异，需以当地最新规定为准）。如果总包扣除的质保金比例超过了这一规定，那么该行为就是违法的。
质保金的作用与返还：
- 质保金是为了确保工程质量而设立的一种保证金制度。在工程竣工验收合格后，如果工程质量符合合同约定和相关标准，质保金应当按照合同约定或相关规定及时返还给承包人。
- 如果总包无正当理由拒绝返还质保金，或者扣除的质保金比例过高且无法提供合理依据，那么承包人可以通过法律途径维护自己的合法权益。
实际操作中的建议：
- 在签订施工合同时，双方应当明确约定质保金的扣除比例、返还条件和时间等条款，以避免后续产生纠纷。
- 如果总包扣除的质保金比例存在争议，承包人可以先与总包进行协商沟通，寻求妥善解决方案。如果协商无果，承包人可以向当地建设行政主管部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，质保金总包扣了百分之五是否违法，取决于合同约定、法律法规的强制性规定以及质保金的实际作用与返还情况。如果合同中有明确约定且不违反法律法规，那么该行为就是合法的；如果合同中没有约定或约定违法，或者总包无正当理由拒绝返还质保金，那么该行为就可能违法。如果你对此有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。