施工许可证超期未竣工验收的，需根据超期原因、是否办理延期手续等具体情况，依法承担相应责任并采取补救措施，具体处理方式如下：

1. 若施工许可证已过期且未办理延期手续
   根据《建筑工程施工许可管理办法》第八条，建设单位需在许可证有效期届满前30日向发证机关申请延期，每次延期不超过3个月。若未申请延期或延期后仍超期未竣工，发证机关将责令停止施工，限期改正，并处以1万元以上3万元以下罚款。此时需立即停止施工，向发证机关补办延期手续（若仍符合施工条件），或重新申请施工许可证。

2. 若因非建设单位原因导致超期（如不可抗力、设计变更等）
   建设单位需在超期前向发证机关提交书面说明及证明材料（如气象灾害证明、设计变更文件等），申请延期或重新核验施工条件。若发证机关认可理由，可免除罚款并办理延期；若不认可，仍需按未延期处理，承担相应责任。

3. 若工程已实质完工但未验收
   即使施工许可证超期，建设单位仍需尽快组织竣工验收。根据《建设工程质量管理条例》第十六条，工程完工后，建设单位应组织勘察、设计、施工、监理等单位进行验收。验收合格后，需向建设行政主管部门备案。超期未验收不影响工程合法性，但未验收擅自使用的，建设单位需承担质量保修责任，且可能面临行政处罚（如责令改正，处工程合同价款2%-4%罚款）。

4. 若工程长期停工且无法继续施工
   建设单位需向发证机关报告，并按照规定办理施工许可证注销手续。若未注销且未施工，发证机关可依据《建筑工程施工许可管理办法》第十二条，责令限期改正，处1万元以上3万元以下罚款；逾期未改正的，可吊销施工许可证。

建议行动步骤：

1. 立即停止施工（若未完工）；
   
2. 梳理超期原因，收集证明材料（如延期申请记录、不可抗力证明等）；
   
3. 向发证机关提交书面说明，申请延期或重新核验施工条件；
   
4. 若工程已完工，尽快组织验收并备案；
   
5. 咨询专业律师，评估行政处罚风险及合规整改方案。
   

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细法律意见。