结论：被工厂辞退并扣除12小时工资是否合法，需根据具体情况判断，主要涉及辞退的合法性以及工资扣除的合理性两个方面。以下从这两个角度进行详细分析：
一、辞退的合法性
合法辞退：
- 如果工厂辞退你是基于合法的理由，如你严重违反了工厂的规章制度、不能胜任工作且经过培训或调岗后仍不能胜任、工厂因经营状况发生严重困难需要裁员等，并且工厂已经按照法定程序进行了辞退（如提前通知、支付经济补偿等），那么辞退行为本身是合法的。
非法辞退：
- 如果工厂没有合法理由就辞退你，或者辞退程序不合法（如未提前通知、未支付经济补偿等），那么辞退行为就是非法的。在这种情况下，你有权要求工厂继续履行劳动合同或者支付赔偿金。
二、工资扣除的合理性
合法扣除：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 如果工厂扣除你12小时工资是因为你给工厂造成了经济损失，并且扣除的金额符合上述规定，那么这种扣除是合法的。
非法扣除：
- 如果工厂没有合法理由就扣除你工资，或者扣除的金额超过了法定标准，那么这种扣除就是非法的。在这种情况下，你有权要求工厂补发被扣除的工资，并可能要求工厂支付相应的赔偿。
三、综合判断与建议
- 综合判断：要判断工厂辞退你并扣除12小时工资是否合法，需要综合考虑辞退的合法性和工资扣除的合理性两个方面。如果辞退合法且工资扣除也合法，那么工厂的行为就是合法的；反之，则可能是非法的。
- 建议：
- 如果你认为工厂的行为是非法的，你可以先与工厂进行协商，要求工厂纠正其非法行为。
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议你保留好相关的证据材料，如劳动合同、工资条、辞退通知等，以便在需要时提供证明。
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