结论：工厂上班12小时在一般情况下是不合法的，但特定情况下可能合法，需依据具体法律规定和审批程序判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、正常情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条明确规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。因此，在没有特殊安排和审批的情况下，工厂要求员工每天上班12小时，明显超出了法定工作时间，属于违法行为。
二、特殊情况下的合法性
加班程序合规：
- 《劳动法》第四十一条规定，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可延长工作时间，一般每日不得超过一小时；特殊原因下，保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，且每月不得超过三十六小时。
- 在此情况下，如果工厂与工会和劳动者协商一致，并且支付了相应的加班工资（平时加班支付不低于工资的150%的报酬；休息日加班又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的报酬），那么超出八小时之外的工作时间属于加班时间。例如，员工每日工作12小时，其中八小时为正常工作时间，另外四小时属于加班时间。只要每月总的加班时长不超过三十六小时，并依法支付加班费，这种安排在一定程度上是合法的。
不定时工作制或综合计算工时工作制：
- 特殊行业、岗位经劳动行政部门批准可实行不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 综合计算工时工作制下，计算周期内总工作时间不超过法定标准工作时间总数，即使某一天工作12小时，但在一个计算周期内平均下来符合规定，也是合法的。
- 实行这两种特殊工时制度必须经过劳动行政部门审批，用人单位不能自行决定。
紧急情况下的例外：
- 根据《劳动法》第四十二条，发生自然灾害、事故或因其他原因威胁劳动者生命健康和财产安全需要紧急处理，以及生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障影响生产和公众利益必须及时抢修等情形下，延长工作时间可以不受第四十一条的限制。
三、劳动者权益保护
- 如果工厂违反工时规定，强制要求员工长时间工作并未按规定支付相应薪资，将被视为严重违法行为。
- 劳动者有权拒绝超过法定工作时间的工作安排，并有权要求工厂支付加班费或进行相应的补偿。
- 劳动者可通过与工厂协商解决争议，协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。劳动监察部门将依法进行调查，并要求工厂改正违法行为，同时可能给予工厂相应的行政处罚。劳动仲裁委员会将依据事实和法律进行裁决，确保劳动者的合法权益得到保护。
四、建议
- 了解自身权益：劳动者应充分了解自己的工作时间权益，包括法定工作时间、加班工资支付标准等。
- 保留证据：在遭遇工厂违法安排工作时间时，劳动者应保留好相关证据，如工作记录、加班通知、工资条等，以便在维权时提供有力支持。
- 及时维权：一旦发现工厂存在违法行为，劳动者应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，避免错过维权时机。
总之，工厂上班12小时在一般情况下是不合法的，但特定情况下可能合法。劳动者应充分了解自己的工作时间权益，并在必要时采取适当措施维护自身合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。