可以以公司名义向上级单位的一个部门行文，但需根据具体行文性质和公司内部管理规定来操作。以下从不同角度进行分析：

1. 从行文规范角度
   根据《党政机关公文处理工作条例》及企业公文管理惯例，公司向上级单位行文时，通常应以公司名义直接对接上级单位整体，而非其内部部门。但若上级单位明确授权其部门接收特定类型文件（如专项工作汇报、审批申请等），或部门职能与行文内容高度匹配（如财务部接收预算报告），则可向该部门行文。此时需在文件中注明“经上级单位XX部门要求/授权报送”等说明，避免越级或程序瑕疵。

2. 从公司内部管理角度
   若公司章程或内部管理制度对行文对象有明确限制（如规定所有对外文件需经法定代表人签批后统一由办公室发送），则需遵守内部流程。即使向部门行文，也需完成内部审批手续，并在文件中体现公司层级授权（如加盖公司公章、法定代表人签章等）。

3. 从法律风险角度

   • 效力风险：若行文内容涉及合同、承诺等法律行为，直接向部门发送可能导致相对方误认部门具有独立签约权，引发表见代理风险。此时应明确标注“本文件仅供XX部门参考，不构成公司对任何事项的承诺”。
     
   • 程序风险：若上级单位对文件接收有严格程序要求（如需通过办公厅统一登记），绕过规定流程可能导致文件被退回或延误，影响公司权益。

建议操作步骤：

1. 查阅上级单位公开的公文接收规范或内部管理制度，确认部门是否具备接收权限；
   
2. 内部履行审批流程，确保文件内容、形式符合公司规定；
   
3. 在文件中明确行文目的、依据及公司授权范围，必要时附上上级单位要求行文的书面证明；
   
4. 保留行文记录（如签收单、邮件回执），以备后续查证。
   

若涉及重大事项或法律文件，建议提前与我沟通，我会结合具体文件类型和上下级关系，协助设计合规的行文方案。