结论：公司扣一次缺卡扣工资40元是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度中明确规定了缺卡扣工资的条款，并且该规章制度已经过上述民主程序制定，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，那么该条款对劳动者具有约束力。
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了缺卡扣工资的条款，且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同约定扣工资是合法的。
二、扣工资的合理性
扣工资比例：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 如果公司扣40元工资后，你的剩余工资仍然高于当地月最低工资标准，且扣款比例未超过当月工资的20%，那么从金额上看，扣款可能是合理的。但还需考虑扣款是否与缺卡造成的实际损失相当。
缺卡与损失的关系：
- 公司扣工资应当基于缺卡给公司造成的实际损失。如果缺卡并未给公司造成实际损失，或者损失远小于40元，那么公司扣40元工资可能缺乏合理性。
三、建议与行动
核查公司规章制度与劳动合同：
- 首先，核查公司规章制度和劳动合同中是否有关于缺卡扣工资的明确约定，以及这些约定是否经过民主程序制定且内容合法。
与公司沟通：
- 如果认为扣款不合理，可以与公司人力资源部门或上级领导进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，并表达自己的异议。
申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，且认为公司扣款行为违反了法律法规或劳动合同约定，可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
示例：假设你的月工资为5000元，公司规章制度和劳动合同中均明确规定了缺卡扣工资40元的条款，且该条款经过民主程序制定且内容合法。同时，缺卡确实给公司造成了一定的损失（如需要额外安排人员顶班等）。在这种情况下，公司扣40元工资可能是合理的。但如果你的月工资仅为2000元，扣40元后剩余工资低于当地月最低工资标准，或者缺卡并未给公司造成实际损失，那么公司扣40元工资就可能缺乏合理性。
进一步思考：在处理此类问题时，除了关注扣款的合法性和合理性外，还可以思考公司是否有更合理的考勤管理方式（如采用电子考勤系统、提供补卡机会等），以减少因缺卡而引发的纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。