养殖企业的监管部门主要依据其养殖规模和性质来确定，具体来说：

一、对于达到一定规模的畜禽养殖场：

根据《畜禽养殖场备案管理办法》的相关规定，这类养殖场主要由农业农村部门负责监管。具体来说：

1. 备案管理：达到农业农村部规定的养殖规模标准的养殖场，需要按照《畜禽养殖场备案管理办法》的规定进行备案。备案工作由县级以上地方人民政府农业农村主管部门负责，他们会根据畜牧业发展情况适时调整畜禽养殖场规模标准，并对畜禽养殖场备案情况开展监督检查。

2. 监管内容：农业农村部门会检查养殖场是否具备与其饲养规模相适应的生产场所和配套的生产设施，是否有为其服务的畜牧兽医技术人员，是否具备法律、行政法规和农业农村部规定的防疫条件，以及是否有与畜禽粪污无害化处理和资源化利用相适应的设施设备等。

3. 处罚措施：如果养殖场未按照规定进行备案，或者存在其他违法行为，农业农村部门有权责令其限期改正，并可以处以罚款。

二、对于规模以下的畜禽养殖散养户：

这类养殖户的监管则主要涉及到环保部门。虽然《畜禽养殖业污染物排放标准》主要适用于集约化畜禽养殖场和养殖区的污染物排放管理，但对于规模以下的畜禽养殖业，环保部门仍然有一定的监管职责。

1. 排放要求：规模以下的畜禽养殖散养户在排放污染物时，虽然没有特定的排放标准，但如果其养殖废水用于农田灌溉，则需要满足《农田灌溉水质标准》的要求。此外，省、自治区、直辖市人民政府也可以根据地方环境和经济发展的需要，制定更为严格的地方畜禽养殖业污染物排放标准。

2. 监管权限：环保部门在对规模以下畜禽养殖污染问题进行查处时，会根据污染的具体情形，选择适用的法律条款进行处罚。例如，如果养殖户的废水排放违反了《水污染防治法》的相关规定，环保部门就有权对其进行处罚。

总结：

• 对于达到一定规模的畜禽养殖场，主要由农业农村部门负责监管，依据是《畜禽养殖场备案管理办法》等相关法律法规。
• 对于规模以下的畜禽养殖散养户，环保部门也有一定的监管职责，主要依据是《水污染防治法》、《大气污染防治法》等相关法律法规以及地方制定的污染物排放标准。

希望这个解答能够帮助您更好地理解养殖企业的监管部门和依据。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。