当对方公司不认账，而您需要申请法院调取证据时，可以按照以下步骤进行：

1. 明确调取证据的必要性：

   • 首先，您需要明确哪些证据对于证明您的主张是必要的，且这些证据您无法自行获取。例如，对方公司的财务记录、合同原件、通信记录等。

2. 准备书面申请：

   • 撰写一份正式的书面申请，详细说明您需要调取的证据内容、证据与案件的关联性、以及您无法自行获取该证据的原因。
   • 在申请中，应明确指出对方公司持有这些证据，并说明这些证据对于案件公正审理的重要性。

3. 提交申请至法院：

   • 将书面申请提交至负责审理您案件的法院。通常，这需要在案件审理过程中，作为证据提交或申请调查取证的一部分。
   • 确保您的申请符合法院的格式要求，并附上所有必要的支持文件，如案件受理通知书、起诉状等。

4. 等待法院审查与决定：

   • 法院将对您的申请进行审查，评估其合理性和必要性。
   • 如果法院认为您的申请合理，且证据对于案件审理至关重要，法院可能会发出调查令或裁定要求对方公司提供相关证据。

5. 配合法院调查：

   • 一旦法院决定调取证据，您可能需要配合法院的工作，如提供进一步的线索或信息，以协助法院顺利获取证据。
   • 如果对方公司拒绝配合法院的调查，法院可能会对其采取强制措施，如罚款、拘留等。

6. 利用调取的证据进行诉讼：

   • 一旦证据被成功调取，您可以在诉讼中充分利用这些证据来支持您的主张。
   • 确保在诉讼过程中，按照法院的要求和程序，合理、合法地使用这些证据。

额外建议：

• 在申请调取证据前，尽量通过其他途径（如协商、调解）尝试获取证据，以减少诉讼成本和时间。
• 如果可能，咨询或聘请一位有经验的律师来协助您准备申请和后续诉讼工作，以确保您的权益得到充分保护。
• 在整个过程中，保持与法院的沟通，及时了解案件进展和法院的要求。