结论：农村自然形成的排洪沟被别人侵占缩窄断面用钢管建牛棚，这一行为是违法的，可能涉及多个法律层面的责任。以下从不同角度为您详细分析：
一、从土地管理法规角度
土地用途管制：
- 农村排洪沟作为自然形成的水利设施，其土地用途是特定的，即用于排水和防洪。根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地用途的改变必须依法进行审批，未经批准擅自改变土地用途是违法的。
- 在此情况下，侵占排洪沟并缩窄断面建牛棚，显然改变了土地的原用途，且未经过任何审批程序，因此违反了土地用途管制原则。
土地权利保护：
- 排洪沟作为农村集体所有的土地或国家所有的土地（具体取决于土地权属），其使用权和管理权受到法律保护。任何单位和个人不得非法侵占、破坏或改变其使用状态。
- 侵占排洪沟建牛棚，侵犯了土地所有者或使用者的合法权益，也破坏了土地资源的合理利用和保护。
二、从水利法规角度
防洪安全：
- 排洪沟是农村防洪体系的重要组成部分，其畅通无阻对于保障周边地区的安全至关重要。侵占排洪沟并缩窄断面，会严重影响其排水能力，增加洪水泛滥的风险，对周边居民的生命财产安全构成威胁。
- 根据《中华人民共和国防洪法》的相关规定，任何单位和个人不得破坏、侵占、毁损水工程及堤防、护岸等有关设施，不得在水工程保护范围内从事影响工程运行和危害工程安全的爆破、打井、采石、取土等活动。
水利设施保护：
- 排洪沟作为水利设施，其保护和管理受到水利法规的严格规范。侵占排洪沟建牛棚，不仅破坏了水利设施的完整性，还可能影响其正常功能和使用寿命。
- 水利部门有权对侵占水利设施的行为进行查处，并要求恢复原状或赔偿损失。
三、从行政处罚与刑事责任角度
行政处罚：
- 对于侵占排洪沟建牛棚的行为，水利部门或土地管理部门有权依据相关法律法规进行行政处罚，包括责令停止违法行为、限期拆除违法建筑、恢复原状、罚款等。
刑事责任：
- 如果侵占行为情节严重，构成犯罪的，如破坏水利设施罪、非法占用农用地罪等，还将依法追究刑事责任。
四、建议与措施
立即停止违法行为：
- 建议您立即停止在排洪沟上建牛棚的行为，并尽快拆除已建成的部分，恢复排洪沟的原状。
与相关部门沟通：
- 主动与当地水利部门或土地管理部门沟通，说明情况并寻求指导。如果确实需要建设牛棚，应依法申请相关审批手续，并确保建设地点不侵犯排洪沟等水利设施。
咨询专业律师：
- 如果您对相关法律法规或处理程序存在疑问，可以直接向我咨询。我可以根据您的具体情况提供更详细的法律建议和指导。
总之，农村自然形成的排洪沟被别人侵占缩窄断面用钢管建牛棚是违法的，可能涉及多个法律层面的责任。建议您立即停止违法行为，并与相关部门沟通处理。如有需要，请随时向我咨询相关法律问题。