事业单位将事假抵扣年假的规定是否合法，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：
一、从法律法规层面分析
年假的法定性质：
- 根据《职工带薪年休假条例》的规定，职工在连续工作1年以上的，享受带薪年休假。这是职工的法定权利，单位应当保证职工享受年休假。
事假与年假的区别：
- 事假是职工因个人原因需要请假，通常不享受工资待遇。
- 年假是职工的法定休息时间，单位应当支付工资。
抵扣的合法性：
- 若单位规章制度或劳动合同中有明确规定：且该规定不违反法律法规的强制性规定，也不损害职工的合法权益，那么单位将事假抵扣年假的做法可能是合法的。但前提是，这种规定必须经过职工代表大会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知职工。
- 若单位规章制度或劳动合同中无明确规定：或者规定违反了法律法规的强制性规定，损害了职工的合法权益，那么单位将事假抵扣年假的做法就是不合法的。职工有权拒绝这种抵扣，并要求单位按照法律法规的规定安排年休假或支付未休年休假的工资报酬。
二、从实际操作层面分析
单位的自主管理权：
- 单位在遵守法律法规的前提下，享有一定的自主管理权。如果单位认为将事假抵扣年假有助于维护单位的正常工作秩序和职工的公平待遇，可以在规章制度或劳动合同中作出相应规定。
职工的知情权与同意权：
- 无论单位作出何种规定，都必须确保职工的知情权与同意权。单位应当将规章制度或劳动合同中的相关规定明确告知职工，并征得职工的同意。如果职工对规定有异议或不同意，单位应当与职工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
特殊情况的处理：
- 在某些特殊情况下，如职工因突发疾病或家庭紧急事务需要请假，单位应当根据实际情况灵活处理，不宜简单地将事假抵扣年假。单位可以与职工协商，安排补休或支付加班工资等方式来弥补职工的损失。
三、法律建议
对于单位：
- 在制定规章制度或劳动合同时，应当明确年假和事假的规定，确保规定合法合规且不损害职工的合法权益。
- 在执行规定时，应当尊重职工的知情权与同意权，与职工进行充分沟通并征得同意。
- 在特殊情况下，应当灵活处理职工的请假事宜，体现单位的人文关怀。
对于职工：
- 在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，了解年假和事假的规定。
- 如果对单位的规定有异议或不同意，应当及时与单位进行沟通协商，寻求解决方案。
- 如果认为单位的规定违法或损害了自己的合法权益，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总结来说，事业单位将事假抵扣年假的规定是否合法，取决于单位规章制度或劳动合同中的相关规定是否合法合规且不损害职工的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。