结论：针对您五年前被办理假工程师证，如今才发现是假的情况，您可以从民事赔偿、行政举报以及可能的刑事责任追究等多个角度来考虑后续行动。
民事赔偿角度：
- 法律背景：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果因为该假工程师证给您造成了经济损失（如因证书无效导致的工资损失、职位晋升机会丧失等），您有权要求办理假证的公司承担民事赔偿责任。
- 建议行动：首先，收集并整理所有与假工程师证相关的证据，包括但不限于合同、付款记录、沟通记录、因证书无效导致的具体损失证明等。其次，尝试与该公司协商赔偿事宜，如果协商无果，您可以向法院提起民事诉讼，要求该公司赔偿您的经济损失。
行政举报角度：
- 法律背景：办理假证的行为可能违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》或《中华人民共和国刑法》中关于伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪的相关规定。
- 建议行动：您可以向当地公安机关或相关行政部门（如市场监督管理局）举报该公司的违法行为。举报时，提供详细的证据材料，以便相关部门能够迅速展开调查并采取相应的行政处罚措施。
刑事责任追究角度（如果涉及金额较大或情节严重）：
- 法律背景：如果办理假证的行为构成了犯罪，如伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪，那么相关责任人员可能会面临刑事责任的追究。
- 建议行动：在收集到充分证据的情况下，您可以向公安机关报案，要求追究相关责任人员的刑事责任。公安机关在立案侦查后，会将案件移送至检察院审查起诉，最终由法院进行审判。
额外考虑：
- 时效性问题：虽然您发现假证的时间较晚，但民事赔偿的诉讼时效通常为三年（自知道或应当知道权利受到损害之日起计算），不过在某些特殊情况下，如您一直不知道权利受到损害，诉讼时效可能会延长。行政举报和刑事报案则不受诉讼时效的限制，但建议尽快行动以保留证据和便于调查。
- 证据收集：在整个过程中，证据的收集至关重要。确保您保存所有与假工程师证相关的文件和沟通记录，这些将是您后续维权的关键。
后续行动建议：
- 鉴于情况复杂，且涉及多个法律领域，我建议您在采取任何行动前，先咨询专业律师（即我本人，徐东川律师，专注于侵权纠纷、公司事务领域）的意见，以确保您的权益得到最大程度的保护。
- 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，请随时向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。