结论：双方达成协议并不能直接决定是否认定交通肇事中的主要责任，责任的认定需依据事故发生的实际情况和相关法律规定，由交通管理部门或司法机关进行判定。

分析说明：

1. 责任认定的法律依据：

   • 在交通肇事案件中，责任的认定主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其实施条例，以及相关的交通事故处理规定。这些法律法规明确了事故责任的划分原则，如过错责任原则、无过错责任原则等，并规定了交通管理部门在事故处理中的职责和程序。

2. 双方协议的影响：

   • 双方达成的协议，如赔偿协议、和解协议等，主要涉及的是民事赔偿方面的问题。这些协议可以在一定程度上反映双方对事故后果的处理态度，但并不能直接决定事故责任的认定。
   • 交通管理部门或司法机关在认定事故责任时，会综合考虑事故发生的经过、现场证据、证人证言、鉴定结论等多方面因素，而不会仅仅依据双方达成的协议来判定责任。

3. 特殊情况下的责任认定：

   • 如果双方协议中涉及对事故责任的承认或划分，且该协议内容合法、有效，且没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议内容可能会作为认定事故责任的参考之一。但即便如此，交通管理部门或司法机关仍会进行独立的调查和判断，以确保责任认定的准确性和公正性。
   • 在某些情况下，如一方存在故意隐瞒事实、伪造证据等行为，即使双方已经达成协议，交通管理部门或司法机关也有权对事故责任进行重新认定。

法律建议：

• 对于交通肇事案件中的责任认定问题，建议当事人不要仅依赖双方达成的协议来解决问题，而应积极配合交通管理部门或司法机关的调查和判断工作，提供真实、准确的证据和信息。
• 如果当事人对事故责任认定有异议，可以在规定的时间内提出复核申请或提起行政诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。

后续行动指导：

• 如果您或您身边的人涉及交通肇事案件，且对责任认定有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。