合同双方有争议应提交给双方约定的仲裁委员会进行仲裁，但前提是合同中存在有效的仲裁协议或条款。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁协议或条款的有效性
- 请求仲裁的意思表示：合同中必须明确双方同意将争议提交仲裁解决，这是启动仲裁程序的基础。
- 仲裁事项：应具体说明哪些争议可以提交仲裁，例如合同履行过程中的违约、解除、效力等争议。
- 选定的仲裁委员会：必须明确约定由哪个仲裁机构进行仲裁，如“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，均提请XX仲裁委员会按照其仲裁规则进行仲裁”。
二、仲裁机构的选择
根据仲裁协议或条款选择：
- 如果合同中已明确约定了仲裁机构，那么应直接按照该约定向指定的仲裁机构提交仲裁申请。
- 例如，合同约定“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，均提请北京仲裁委员会按照其仲裁规则进行仲裁”，则应向北京仲裁委员会提交仲裁申请。
未约定仲裁机构时的处理：
- 如果合同中没有约定仲裁机构，或者约定的仲裁机构不明确，当事人可以补充协议选定仲裁机构。
- 若无法达成补充协议，则仲裁协议无效，此时当事人可以选择通过诉讼方式解决纠纷。
特殊情况下的仲裁机构选择：
- 对于涉外合同纠纷，当事人可以根据《中华人民共和国仲裁法》的规定，选择国际商事仲裁机构进行仲裁。
- 常见的国际商事仲裁机构包括中国国际经济贸易仲裁委员会（CIETAC）、香港国际仲裁中心（HKIAC）等。
三、提交仲裁申请的材料
在确定了仲裁机构后，当事人应按照该机构的仲裁规则提交仲裁申请，通常包括以下材料：
- 仲裁申请书：详细陈述仲裁请求、事实和理由。
- 证据材料：支持仲裁请求的相关证据，如合同文本、通信记录、交易凭证等。
- 身份证明文件：当事人的身份证明或营业执照等。
- 其他可能需要的材料：如授权委托书、仲裁费用预缴证明等。
四、注意事项
- 确保仲裁协议的有效性：在签订合同时，应确保仲裁协议或条款明确、具体，避免模糊或歧义。
- 了解仲裁机构的规则和程序：不同的仲裁机构可能有不同的仲裁规则和程序，当事人在提交仲裁申请前应了解并遵守相关规定。
- 及时缴纳仲裁费用：按照仲裁机构的通知要求，及时缴纳相应的仲裁费用，以确保申请程序顺利进行。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份购销合同，并在合同中约定“因本合同引起的或与本合同有关的任何争议，均提请上海仲裁委员会按照其仲裁规则进行仲裁”。后来，双方因合同履行问题产生争议，甲方便可以根据合同中的仲裁条款，向上海仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料和身份证明文件。
总结：合同双方有争议时，应首先查看合同中是否存在有效的仲裁协议或条款，并根据该协议或条款选择约定的仲裁机构进行仲裁。如果合同中没有约定或约定不明确，当事人可以补充协议选定仲裁机构或选择通过诉讼方式解决纠纷。在整个过程中，建议当事人咨询并委托专业律师提供法律指导和支持，以确保每一步操作的准确性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。