您好，关于农民工的个税由谁承担的问题，这主要涉及到个人所得税的扣缴义务人认定。

首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，个人所得税是以所得人为纳税人的，也就是说，农民工作为工资所得的获得者，是个人所得税的纳税人。然而，在实际操作中，我们并不直接要求农民工个人去申报和缴纳个税，而是由支付所得的单位或个人来代扣代缴。

接下来，我们来看扣缴义务人的认定。根据相关规定，向个人支付所得的单位和个人即为扣缴义务人。但在实际场景中，由于支付链条可能比较复杂，比如存在总包代发农民工工资的情况，这时就可能存在多重支付的现象，导致扣缴义务人难以直接确定。

为了解决这个问题，税务机关给出了一个明确的认定标准：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。这意味着，如果某个单位或个人在支付农民工工资的过程中，对支付对象和支付数额具有决定权，那么这个单位或个人就需要承担代扣代缴农民工个税的义务。

具体到您提到的情况，如果公司项目部与劳务队伍签订了劳务分包合同，并且每个月项目部代发分包单位的民工工资，那么项目部就需要根据税务机关的认定，判断自己是否对所得的支付对象和支付数额有决定权。如果有，那么项目部就需要作为扣缴义务人，代扣代缴农民工的个税。

总的来说，农民工的个税并不是由农民工自己直接承担，而是由支付所得的单位或个人（即扣缴义务人）来代扣代缴。这个扣缴义务人的认定，主要依据税务机关对支付对象和支付数额决定权的判断。希望这个解答能够帮助您更好地理解农民工个税的承担问题。如果您还有其他疑问，欢迎随时咨询。