结论：员工迟到，公司是否可以直接扣减员工绩效50元，并非一概而论，而是取决于公司的规章制度是否合法、合理，以及劳动合同中是否有明确约定。只有在符合法律法规和合同约定的情况下，公司才能依法扣除员工的绩效工资。

详细分析：

1. 规章制度明确规定且合法：

   • 如果公司依法制定的规章制度中明确规定了迟到与绩效工资的扣减关系，并且该规章制度已经通过民主程序制定（如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），同时已向劳动者公示或告知，那么公司有权根据规章制度扣减员工的绩效工资。但扣减的幅度必须合理，不得损害劳动者的基本权益，扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。
   • 示例：公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，对应绩效工资扣减50元，且该规定已按上述程序制定并公示，则此规定有效，公司可以据此扣减。

2. 劳动合同有相关约定且合法：

   • 如果劳动合同中明确写明了迟到与绩效工资的关系，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司也有权根据劳动合同的约定扣减员工的绩效工资。同样，扣减的幅度也必须合理。
   • 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到3次，用人单位有权扣减绩效工资50元”，且该约定合法有效，则公司可以据此扣减。

3. 规章制度或劳动合同无相关规定，或规定不合法、不合理：

   • 如果公司的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，或者规章制度和劳动合同中均未明确规定迟到可以扣绩效工资，那么公司不得随意扣除员工的绩效工资。
   • 即使规章制度或劳动合同中有规定，但如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减也可能被认定为不合法。

员工权益保护建议：

• 如果员工认为公司扣绩效工资的行为不合法，首先应与公司进行沟通协商，要求公司说明扣工资的依据和合理性。
• 协商不成时，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

综合总结：

公司是否可以因员工迟到而扣减绩效工资，需综合考虑公司的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。公司在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，员工也应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。