结论前置：员工迟到早退的，公司不可以直接扣工资，但若公司规章制度合法有效且明确规定了迟到早退的扣薪标准，同时扣薪幅度合理且符合法定程序，则公司可以依据规章制度扣工资。
详细分析：
一、公司不可以直接扣工资的情况
缺乏合法有效的规章制度：
- 如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），则公司不能直接以迟到早退为由扣工资。因为根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
扣薪幅度不合理：
- 即使公司有规章制度，但如果扣薪幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，该扣薪行为也可能被认定为违法。例如，员工迟到一次就扣除大量工资，导致员工当月工资低于当地最低工资标准，这是不合法的。
缺乏法律依据：
- 根据现行法律法规，并未直接赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。因此，如果公司以迟到早退为由直接扣除员工工资，而没有其他合法依据（如规章制度、劳动合同约定等），则构成对劳动者合法权益的侵犯。
二、公司可以扣工资的情况
规章制度合法有效且明确规定：
- 公司必须制定合法有效的规章制度，明确将迟到早退列为违纪行为，并设定合理的扣薪标准。规章制度的制定需遵循《中华人民共和国劳动合同法》第四条的规定，即应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并确保内容合法、合理。同时，规章制度制定后，公司应通过公告栏张贴、组织员工培训学习、让员工签署知晓确认书等方式，确保员工充分了解并知晓迟到早退会被扣工资以及具体的扣薪规则。
扣薪幅度合理且符合法定程序：
- 扣薪幅度应保持在合理范围内，不能因迟到早退一次就扣除过多工资。一般来说，扣除的工资数额应与迟到早退给公司造成的实际损失相当，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。此外，在扣款前，公司应进行调查核实，确保员工确实存在迟到早退行为，并听取员工的解释和申辩。扣款后，公司应向员工提供书面的扣款通知，说明扣款的原因、金额和依据。
三、特殊情况下的处理
全勤奖的设置：
- 如果公司在薪酬制度中设置了全勤奖，那么员工迟到早退导致无法获得全勤奖是合理的。但这并不等同于直接扣工资，而是基于薪酬制度的正常调整。
因迟到早退导致损失的赔偿：
- 如果员工迟到早退给公司造成了实际损失（如延误了重要会议、影响了项目进度等），公司可以要求员工承担相应的赔偿责任。但这种赔偿应通过协商或法律途径解决，而非直接扣工资。如果公司选择通过扣工资来赔偿损失，必须确保扣薪幅度合理且符合法定程序。
法律建议：
- 对于公司而言，应制定合法有效的规章制度，并确保扣薪行为合理且符合法定程序。同时，公司应加强与员工的沟通，让员工充分了解规章制度的内容和要求，以减少因迟到早退引发的纠纷。
- 对于员工而言，应了解自己的权益和义务，遵守公司的规章制度。如果认为公司扣薪行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决或向当地劳动监察部门投诉。必要时，员工还可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
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