结论：被挂靠公司与挂靠人签字盖章的借款协议，若明确用于违法挂靠项目，该借款协议一般是无效的。不过，具体还需根据实际情况，从多个角度进行详细分析。
法律背景与依据
合同无效的法定情形：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。违法挂靠项目本身就违反了建筑法等相关法律法规的强制性规定，因此，为违法挂靠项目而订立的借款协议，很可能因违反法律强制性规定而被认定为无效。
合同目的的合法性：
- 合同的目的是双方订立合同时所追求的法律效果。如果合同的目的本身是违法的，那么该合同就缺乏合法的基础，从而可能被认定为无效。在本案例中，借款协议的目的明确用于违法挂靠项目，这显然是一个违法的目的，因此借款协议可能因此无效。
不同角度的分析
从合同内容角度：
- 如果借款协议中明确约定了借款用途为违法挂靠项目，且双方对此均无异议，那么该协议的内容就违反了法律的强制性规定，从而可能被认定为无效。
从合同履行角度：
- 即使借款协议在订立时并未明确约定借款用途为违法挂靠项目，但在实际履行过程中，如果双方均明知并同意将借款用于违法挂靠项目，那么该协议也可能因实际履行内容违法而被认定为无效。
从法律后果角度：
- 如果借款协议被认定为无效，那么双方因该协议而取得的财产应当予以返还。不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
特殊情况与注意事项
证据收集与保存：
- 在处理此类案件时，证据的收集与保存至关重要。双方应尽可能收集并保存与借款协议相关的所有证据，包括但不限于借款协议、转账记录、聊天记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
法律咨询与诉讼：
- 如果双方因借款协议的效力问题发生纠纷，且无法通过协商解决，那么可以考虑寻求法律帮助或提起诉讼。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定来判定借款协议的效力，并作出相应的判决。
建议：在实际操作中，如果涉及此类借款协议，建议双方在订立协议前就咨询专业律师，确保协议内容的合法性和有效性。如果已经订立了此类协议并发生了纠纷，也应及时寻求法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见。