结论：法院将您起诉的怀孕期间的生产费、检查费纠纷定于同居子女抚养纠纷，可能是基于案件背后涉及的法律关系及事实认定，认为该纠纷实质上与同居期间子女抚养问题紧密相连。以下从几个角度为您详细分析：
法律关系认定角度：
- 在同居关系中，虽然双方未办理结婚登记，但若存在子女，则子女抚养问题便成为双方必须面对的法律责任。法院在审理案件时，会首先审查案件涉及的法律关系。若法院认为，您所起诉的生产费、检查费，实际上是在同居期间为共同子女的出生和健康所支出的费用，那么这些费用就可能与子女抚养问题紧密相关，从而被纳入同居子女抚养纠纷的范畴。
事实认定角度：
- 法院在审理案件时，会依据双方提供的证据和事实进行认定。若您在起诉时未能充分证明这些费用是独立于同居子女抚养之外的个人支出，或者法院在审查证据后认为这些费用与同居子女抚养有直接关联，那么法院就有可能将这些费用纠纷纳入同居子女抚养纠纷中一并处理。
法律程序与效率角度：
- 从法律程序和效率的角度考虑，法院可能会倾向于将相关联的纠纷合并审理，以减少诉讼成本和提高审判效率。若法院认为您起诉的生产费、检查费纠纷与同居子女抚养纠纷存在事实上的关联，那么将两者合并审理便是一个合理的选择。
建议：
- 明确诉讼请求：在再次起诉或应诉时，您应明确诉讼请求，详细阐述生产费、检查费的具体金额、支出时间、支出目的等，并提供相关证据证明这些费用是独立于同居子女抚养之外的个人支出。
- 收集证据：收集与案件相关的所有证据，包括医疗记录、费用发票、同居期间的财务记录等，以证明您的主张。
- 咨询专业律师：由于法律程序复杂且涉及专业法律知识，建议您在起诉或应诉前咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 若法院最终认定您所起诉的生产费、检查费纠纷与同居子女抚养纠纷相关联，那么这些费用可能会被纳入子女抚养费用的范畴进行裁决。
- 若您能够提供充分证据证明这些费用是独立于同居子女抚养之外的个人支出，那么法院可能会支持您的诉讼请求，判决对方承担相应的费用。
总之，面对这种情况，您应保持冷静，积极收集证据，明确诉讼请求，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。