关于“第三方证明上盖了章是否有效”的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我为您提供的详细分析：
首先，我们需要明确的是，第三方证明上盖章的有效性，主要取决于盖章的主体、盖章的权限以及盖章的场合和目的。
盖章的主体：
- 如果盖章的是具有法律效力的机构或组织，如公证处、政府部门等，且该机构或组织在相关领域具有权威性和公信力，那么其盖章的证明通常具有较高的法律效力。
- 如果盖章的是企业或个人的项目部、分支机构等，其法律效力则可能受到一定限制，需要结合具体情况来判断。
盖章的权限：
- 盖章的主体必须在其权限范围内进行盖章。例如，项目部的印章通常只能用于与项目相关的文件，如果用于其他与项目无关的文件，则可能无效。
- 如果盖章的主体超出了其权限范围进行盖章，或者盖章行为未经授权，那么该盖章的证明可能无效。
盖章的场合和目的：
- 盖章的证明必须是在合法的场合和目的下出具的。例如，在合同签订、法律诉讼等正式场合下出具的证明，通常具有较高的法律效力。
- 如果盖章的证明是在非正式场合或为了非法目的而出具，那么其法律效力可能受到质疑。
以您提供的参考信息中的案例为例，仅加盖项目部印章的结算单，其效力并非绝对。法院在判决时，会综合考虑项目部印章的使用情况、持章人的授权权限以及该印章在其他对外经济往来或具有公示效力的场合是否使用过等因素。如果项目部印章在项目运作过程中长期正常使用，或由项目负责人、授权委托人加盖，那么对外就能代表该企业和项目部，对该企业和项目部均产生法律约束力。
因此，对于“第三方证明上盖了章是否有效”的问题，我建议您：
- 首先确认盖章的主体是否具有法律效力和公信力；
- 其次了解盖章的主体是否在其权限范围内进行盖章；
- 最后结合盖章的场合和目的来判断其法律效力。
如果仍有疑问或需要进一步的法律帮助，建议您咨询专业的法律机构或律师。