针对工程费超出工程报价单且已付款，审查发现后的处理方式，需结合合同条款、付款程序及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 审查合同条款
   首先需核查工程合同中关于“报价变更”“超支处理”“付款审批”等条款的约定。若合同明确约定“超支部分需双方书面确认”或“付款前需重新报价审批”，而实际付款未履行该程序，则可能构成付款方违约或付款行为效力瑕疵。此时，付款方有权依据合同主张超支部分无效，或要求承包方返还超额款项。

2. 分析付款程序合法性
   若合同未明确约定超支处理程序，但付款方内部财务制度或行业规范要求“超支需经审批”，而实际付款未履行该程序，则可能涉及内部管理责任。此时，付款方需通过内部追责程序（如对相关责任人处罚）弥补损失，但对外仍需承担付款责任，除非能证明承包方存在欺诈、胁迫等情形。

3. 评估承包方是否构成违约
   若超支系因承包方未按合同约定施工（如擅自变更设计、增加工程量），且未取得付款方书面同意，则承包方构成违约。付款方有权要求承包方：

   • 返还超额款项；
     
   • 承担违约责任（如支付违约金、赔偿损失）；
     
   • 若超支导致工程无法通过验收，还可要求承包方返工或修复。

4. 考虑“情势变更”或“不可抗力”情形
   若超支系因不可预见、不可归责于双方的原因（如材料价格暴涨、政策调整），且合同未约定风险分担方式，则可依据《民法典》第533条主张情势变更，要求变更或解除合同，并重新协商超支部分的处理方式。

5. 已付款的效力与救济途径
   若付款方已实际支付超额款项，且无合同或法律上的抗辩事由，则付款行为有效。但付款方仍可通过以下途径救济：

   • 与承包方协商，签订补充协议明确超支部分的处理方式；
     
   • 若协商不成，可向法院起诉，主张返还超额款项或赔偿损失；
     
   • 若涉及刑事犯罪（如承包方伪造报价单骗取款项），可向公安机关报案。

建议行动步骤：

1. 立即停止后续付款，避免损失扩大；
   
2. 收集合同、报价单、付款凭证、沟通记录等证据；
   
3. 委托律师对合同效力、付款程序、超支原因进行法律分析；
   
4. 根据律师意见，选择协商、诉讼或仲裁等途径解决争议。
   

如需进一步分析具体合同条款或证据材料，可直接向我咨询。