结论：对于“未批先建”但在检查时早已通过审批的项目，仍然可能面临处罚，具体取决于违法行为的性质、情节以及后续整改情况。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律层面：未批先建的违法性及处罚
违法性认定：
- 根据《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国环境影响评价法》以及《建设工程质量管理条例》等相关法律法规，建设项目必须在完成所有必要的审批手续后，方可开工建设。“未批先建”行为明确违反了这些规定，属于违法行为。
处罚措施：
- 施工许可方面：依据《中华人民共和国建筑法》及《建设工程质量管理条例》，未取得施工许可证擅自施工的，将被责令停止施工，限期改正，并对建设单位和施工单位分别处以罚款。罚款金额根据工程合同价款的比例确定，如建设单位可能面临工程合同价款1%以上2%以下的罚款。
- 环境影响评价方面：根据《中华人民共和国环境影响评价法》，未报批环境影响评价文件擅自开工的，将被责令停止建设，根据违法情节和危害后果，处建设项目总投资额1%以上5%以下的罚款，并可责令恢复原状。同时，对建设单位直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予行政处分。
- 土地管理方面：若项目涉及非法占用土地，还将面临退还非法占用土地、拆除或没收非法建筑等处罚。
二、整改与审批流程的规范要求
整改要求：
- 即使项目在检查时已经通过了审批，但“未批先建”的违法事实依然存在。建设单位必须按照法律规定对违法行为进行整改，如停止建设活动（如果尚未完成）、补充编制并报批环境影响评价文件等，以消除违法状态。
审批流程的独立性：
- 项目审批是一个独立的流程，它基于项目是否符合国家和地方的产业政策、规划要求、环保标准等条件进行审查。“未批先建”的行为本身并不因为后续获得了审批而变得合法，审批机关在审批时会考虑项目的整体合规性，包括是否曾存在“未批先建”的违法行为。
特殊情况下的审批可能性：
- 在某些特殊情况下，如项目已经建成并投入生产或使用，且通过补救措施可以符合环境影响评价文件的要求，相关部门可能会考虑对其进行审批。但这必须经过严格的审查和评估，确保项目不会对环境造成不可逆转的影响，并且需要建设单位提交完整的申请材料，按照规定的审批流程进行。然而，这并不意味着“未批先建”的行为可以被容忍或忽视，而是基于项目实际情况和公共利益的考量。
三、实际操作建议
严格遵守法律法规：
- 为避免不必要的法律风险和经济损失，建议建设单位在进行任何建设项目之前，务必依法进行环境影响评价、施工许可等审批手续，确保项目的合法性和合规性。
积极整改与沟通：
- 对于已存在的“未批先建”项目，建设单位应尽快采取措施进行整改，如停止建设、补充审批手续等。同时，积极与审批机关沟通，说明情况并争取理解，以便在完成整改后尽快进入正常的审批流程。
关注后续法律后果：
- 即使项目最终获得了审批，建设单位仍需关注“未批先建”行为可能带来的其他法律后果，如行政处罚记录、信用评级影响等。这些后果可能对建设单位的未来发展和项目运营产生不利影响。
总结与进一步思考：
“未批先建”行为不仅违反了国家法律法规，还可能对建设单位造成严重的法律后果和经济损失。即使项目在检查时已经通过了审批，但“未批先建”的违法事实依然可能面临处罚。因此，建议所有建设单位在进行项目建设前，务必严格遵守相关法律法规，依法办理各项审批手续。对于已发生的“未批先建”行为，应尽快采取措施进行整改和补救，以避免进一步的法律风险和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。