关于公司梯度处罚是否合法的问题，这主要取决于具体的处罚设定与实施是否符合相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，梯度处罚本身并不是违法的。在许多法律领域，特别是环境保护、安全生产等关键领域，为了更有效地遏制违法行为，法律往往会设定不同级别的处罚措施，即梯度处罚。这种处罚方式能够根据违法行为的严重程度和后果，给予相应的处罚，从而体现法律的公正性和威慑力。
以环境保护领域为例，如您提供的参考信息中所述，《中华人民共和国生态环境法典》就针对污染防治设施相关违法情形设置了三级阶梯式处罚体系。这一体系根据违法行为的性质、后果以及主观故意程度，将处罚分为一般运维违规、设施失效但非逃避监管、逃避监管排放三个等级，并分别设定了不同的罚款数额和其他处罚措施。这种梯度处罚的设置是合法且合理的，它有助于更精确地打击违法行为，保护生态环境。
然而，梯度处罚的合法性也取决于其设定和实施是否符合法律法规的规定。根据国务院印发的《关于进一步规范和监督罚款设定与实施的指导意见》，罚款的设定和实施必须遵循依法科学、严格规范、全面监督的原则。具体来说，罚款的设定必须基于法律、法规的规定，不得随意增设或扩大罚款范围；罚款的实施必须严格按照法律规定和违法事实进行，不得随意给予顶格罚款或高额罚款，也不得随意降低对违法行为的认定门槛或扩大违法行为的范围。
因此，对于公司梯度处罚是否合法的问题，我们需要具体分析：
查看相关法律法规：首先，需要查看公司所处行业或领域的相关法律法规，确认是否存在梯度处罚的规定。如果存在，且该规定符合法律法规的设定原则和实施要求，那么公司的梯度处罚就是合法的。
分析处罚的合理性：其次，需要分析公司梯度处罚的具体设置是否合理。这包括处罚的等级划分是否科学、罚款数额是否适当、其他处罚措施是否合理等。如果公司的梯度处罚设置合理，且能够体现法律的公正性和威慑力，那么它就是合法的。
检查处罚的实施情况：最后，需要检查公司梯度处罚的实施情况。这包括处罚是否严格按照法律规定和违法事实进行、是否存在随意给予顶格罚款或高额罚款的情况、是否纠正了违法行为等。如果公司的梯度处罚实施情况良好，且符合法律法规的规定，那么它就是合法的。
综上所述，公司梯度处罚本身并不是违法的，但其合法性取决于具体的处罚设定与实施是否符合相关法律法规的规定。因此，在判断公司梯度处罚是否合法时，我们需要综合考虑相关法律法规、处罚的合理性以及处罚的实施情况等因素。