对商铺进行分割登记是否违法及处罚方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若分割登记行为违反规划或登记管理规定
   根据《民法典》第217条及《不动产登记暂行条例》第22条，不动产登记需以合法权属来源证明和规划许可文件为基础。若商铺分割未取得规划部门审批（如擅自改变建筑结构、用途），或分割后不符合消防、安全等强制性标准，登记机构将依法不予登记。若通过伪造材料骗取登记，可能面临《刑法》第280条规定的伪造国家机关公文罪，处3年以下有期徒刑；同时登记机构可依据《不动产登记暂行条例》第30条撤销错误登记，并追究申请人行政责任。

2. 若分割登记行为涉及违法转让或出租
   若商铺分割后以独立产权形式转让，但未满足《城市房地产管理法》第38条规定的”按照出让合同约定进行投资开发”条件（如未完成竣工验收），可能构成违法转让房地产，由县级以上政府土地管理部门没收违法所得，并处转让价款5%-20%罚款。若分割后出租但未通过消防验收，依据《消防法》第58条，可能面临停产停业+3万-30万罚款。

3. 若分割登记行为损害共有权人利益
   根据《民法典》第278条，改变共有部分用途需经专有部分面积占比2/3以上业主且人数占比2/3以上业主参与表决，并经参与表决人数3/4以上同意。若未经法定程序擅自分割登记，共有权人可依据《民法典》第236条要求排除妨害、恢复原状，并主张赔偿损失。

实务建议：

• 操作前需核查商铺产权证附图、规划许可证及消防验收文件，确保分割方案符合原始审批要求；
  
• 若涉及共有部分，需依法召开业主大会并留存书面决议；
  
• 登记后需及时向税务部门申报纳税，避免偷逃税款风险（如契税、增值税等）。
  

如有具体操作细节需进一步分析，可直接向我说明商铺的产权状态、分割方式等关键信息。