入职合同丢失后，您不必过于担心，因为合同一式两份，您和公司各持一份，您的那份丢失并不影响合同的法律效力及公司所持那份的效力。不过，为了保障您的权益，您可以采取以下措施：

1. 与公司协商补签或复印：

   • 补签合同：您可以与公司协商，看是否可以重新签订一份入职合同。这通常是最直接且有效的解决方式，能够确保您和公司都有一份完整的合同作为依据。
   • 复印公司留存件：如果公司同意，您也可以要求复印公司留存的入职合同，并加盖公司公章或由相关负责人签字确认，以证明其真实性。这样，您就拥有了一份与原件具有同等法律效力的复印件。

2. 收集其他证据证明劳动关系：

   • 如果无法补签或复印合同，您还可以收集其他能够证明您与公司之间存在劳动关系的证据，如工资条、工作证、考勤记录、同事证言等。这些证据在劳动争议中同样具有重要的证明作用。

3. 了解法律后果与风险：

   • 合同效力不受影响：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同由用人单位与劳动者协商一致，并经用人单位与劳动者在劳动合同文本上签字或者盖章生效。因此，即使您丢失了入职合同，只要公司留存的合同有效，就不影响您与公司之间的劳动关系及合同约定的权利义务。
   • 可能面临的举证困难：然而，在发生劳动争议时，如果您无法提供入职合同作为证据，可能会面临一定的举证困难。因此，建议您尽可能采取上述措施补救，以降低风险。

4. 预防未来类似情况：

   • 妥善保管合同：为了避免未来再次发生类似情况，建议您在签订合同后，将合同妥善保管在安全的地方，并可以考虑制作电子备份或复印多份以备不时之需。
   • 了解合同条款：同时，也建议您在签订合同前仔细阅读合同条款，确保自己了解并同意合同中的各项约定，以维护自己的合法权益。

如果您在处理入职合同丢失问题时遇到任何困难或疑问，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。作为专注于劳动纠纷领域的律师，我将竭诚为您提供专业的法律服务。