针对您提出的问题，即“老板把店转移至店长名下并用店长身份证做抖音账号，已经做了，店长该怎么办”，以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面分析
个人信息保护：
- 根据《个人信息保护法》的相关规定，自然人的个人信息受法律保护，任何组织或个人不得非法收集、使用、加工、传输他人个人信息，不得非法买卖、提供或公开他人个人信息。
- 在您的情况下，如果老板未经您同意就使用您的身份证信息注册抖音账号，这构成了对您个人信息的非法使用，侵害了您的个人信息权益。
侵权责任：
- 如果老板因此获得了利益（如通过抖音账号进行商业活动并获取收益），而您因此受到了损失（如可能面临的法律风险、身份信息被滥用的风险等），老板应当承担相应的赔偿责任。
二、实际操作建议
与老板沟通：
- 首先，建议您与老板进行坦诚的沟通，明确表达您对使用个人身份证注册抖音账号的担忧和不满。
- 要求老板立即停止使用您的个人信息进行任何商业活动，并协商解决方案，如变更账号实名信息、给予适当补偿等。
收集证据：
- 在沟通过程中，注意收集相关证据，如聊天记录、账号信息、使用记录等，以备不时之需。
- 这些证据将有助于您在后续的法律程序中维护自己的权益。
变更账号实名信息：
- 如果老板同意变更账号实名信息，您应协助老板完成相关流程，确保账号不再与您的个人信息关联。
- 变更流程可能涉及抖音平台的规则和要求，建议您与老板一起仔细阅读平台的相关政策，并按照要求操作。
寻求法律帮助：
- 如果老板拒绝沟通或拒绝变更账号实名信息，并且您认为自己的个人信息权益受到了严重侵害，您可以考虑寻求法律帮助。
- 咨询专业律师，了解您的法律权益和可行的法律途径，如起诉老板要求赔偿损失等。
三、预防措施
加强个人信息保护意识：
- 在未来的工作和生活中，加强个人信息保护意识，不轻易将个人信息透露给他人。
- 对于需要提供个人信息的场合，务必确认对方的身份和用途，并签订相关协议或合同。
定期检查个人信息使用情况：
- 定期检查自己的个人信息是否被非法使用或泄露，如发现异常情况及时采取措施。
四、关于个体工商户变更（备案）登记的说明
虽然您的问题主要涉及个人信息保护，但如果您作为店长需要接手店铺并进行相关变更登记，也需要注意以下事项：
- 根据《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关规定，个体工商户的变更（备案）登记需要提交相关材料并符合法定形式。
- 如果您需要变更店铺的营业执照、登记通知书等材料中的信息，应按照当地市场监督管理部门的要求进行操作，并确保所有材料的真实性和准确性。
综上所述，作为店长，您应首先与老板沟通并要求停止使用您的个人信息进行商业活动。如果无法协商解决，您可以考虑寻求法律帮助来维护自己的权益。同时，加强个人信息保护意识并定期检查个人信息使用情况也是非常重要的。