结论：若公司购房款法院已判返还公司，公司一般不能再就同一房产起诉确权，但在特定情况下可能存在例外。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况：不能起诉确权
一事不再理原则：
- 在民事诉讼中，一事不再理是一个重要原则，即同一案件已经经过法院审理并作出判决，当事人不得就同一事实和理由再次向法院提起诉讼。
- 若法院已经就购房款返还问题作出判决，且该判决已生效，那么公司就同一房产的权属问题再次起诉，很可能被法院以违反一事不再理原则为由驳回。
判决的既判力：
- 法院的判决具有既判力，即判决一旦生效，就对当事人产生法律上的约束力，当事人必须履行判决所确定的义务。
- 在购房款返还的判决中，法院已经对房产的权属问题进行了间接判断（即认为房产不属于公司，因此判决返还购房款），公司再就同一房产起诉确权，实际上是对法院判决的既判力提出挑战。
二、特定情况：可能存在例外
新证据的出现：
- 如果在购房款返还判决生效后，公司发现了新的证据，能够证明房产确实属于公司所有，且该证据在之前的诉讼中因客观原因未能提供，那么公司可以向法院申请再审或提起新的确权诉讼。
- 但这种情况较为罕见，且需要满足严格的条件，如新证据必须足以推翻原判决、必须是在原诉讼中因客观原因未能提供等。
判决存在错误或瑕疵：
- 如果购房款返还的判决存在错误或瑕疵，如法院对事实认定不清、适用法律错误等，公司可以通过上诉、申请再审等法律途径寻求救济。
- 在救济过程中，如果法院认为原判决确实存在错误或瑕疵，并决定撤销或改判原判决，那么公司可以在新的判决基础上就房产权属问题提起确权诉讼。但这种情况同样较为罕见，且需要满足严格的法律条件。
涉及第三方权益：
- 如果在购房款返还判决生效后，房产的权属问题涉及到第三方的权益（如房产已被转让给第三方、第三方对房产享有抵押权等），那么公司可能需要先解决与第三方的权益纠纷，再就房产权属问题提起确权诉讼。
- 但这种情况下，确权诉讼的复杂性和难度都会大大增加，且需要满足更多的法律条件。
三、法律建议
仔细审查原判决：
- 在考虑是否起诉确权前，公司应仔细审查原购房款返还的判决，了解法院对房产权属问题的判断依据和理由。
- 如果认为原判决存在错误或瑕疵，应及时通过上诉、申请再审等法律途径寻求救济。
咨询专业律师：
- 确权诉讼涉及复杂的法律问题和证据收集工作，公司应咨询专业律师的意见和帮助。
- 律师可以根据公司的具体情况和法律规定，为公司提供全面的法律分析和建议，帮助公司制定合适的诉讼策略。
考虑其他救济途径：
- 如果起诉确权存在困难或风险较大，公司可以考虑通过其他途径解决房产权属问题，如与房产的原所有人或现所有人进行协商、通过行政途径解决等。
最后，若公司面临此类问题，建议直接向我咨询，我会根据公司的具体情况和法律规定，为公司提供全面、准确的法律分析和建议。