公司可以通过劳务派遣公司给农民工发工资，但需满足一定条件并履行相应义务。具体分析如下：

1. 法律允许性
   根据《劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是用人单位，应当履行对劳动者的义务，包括按月支付劳动报酬。因此，若公司通过合法注册的劳务派遣公司雇佣农民工，工资支付主体应为劳务派遣公司，而非用工单位（即实际使用农民工的公司）。这种模式在法律上是允许的。

2. 公司需履行的义务

   • 监督义务：公司需监督劳务派遣公司按时足额支付工资，避免因派遣公司拖欠工资导致自身承担连带责任（《劳动合同法》第九十二条）。
     
   • 同工同酬义务：公司需确保派遣农民工与本单位同类岗位劳动者实行相同的劳动报酬分配办法（《劳动合同法》第六十三条）。
     
   • 信息告知义务：公司需向农民工明确告知劳务派遣关系及工资支付主体，避免因信息不对称引发纠纷。

3. 风险防范建议

   • 合同约定：在与劳务派遣公司签订的协议中，明确约定工资支付标准、时间及违约责任，例如要求派遣公司提供工资发放凭证。
     
   • 直接支付条款：可约定在派遣公司未按时支付时，公司有权直接代发工资并从服务费中扣除，以降低农民工权益受损风险。
     
   • 定期核查：建立工资支付核查机制，例如要求派遣公司定期提供工资发放记录或通过农民工确认工资到账情况。

4. 特殊情形注意
   若公司直接与农民工建立劳动关系（如未通过劳务派遣），则必须由公司自行支付工资，否则可能构成拖欠工资，需承担《劳动保障监察条例》规定的行政责任（如加付赔偿金）及《刑法》中的拒不支付劳动报酬罪风险。

总结：通过劳务派遣公司发工资合法，但公司需通过合同约束、监督机制等确保农民工权益，避免因派遣公司违规而承担连带责任。如有具体操作疑问，可进一步向我咨询劳务派遣协议设计或劳动合规审查问题。