在行政诉讼中申请国家赔偿，应当以实施侵权行为的行政机关为被告。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国国家赔偿法》的相关规定，国家赔偿是指国家机关及其工作人员因行使职权给公民、法人及其他组织的人身权或财产权造成损害，依法应给予的赔偿。在行政诉讼中，若行政机关或其工作人员在行使行政职权时侵犯了公民、法人或其他组织的合法权益，并造成了损害，受害人有权依法申请国家赔偿。
二、被告确定原则
实施侵权行为的行政机关：
- 在行政诉讼中，若行政机关或其工作人员在行使职权过程中实施了侵权行为，导致公民、法人或其他组织受到损害，那么该行政机关就是国家赔偿的被告。
- 例如，若公安机关在执行职务过程中非法拘禁了公民，导致公民受到人身损害，那么该公安机关就是国家赔偿的被告。
共同侵权时的被告确定：
- 如果两个或两个以上的行政机关共同实施了侵权行为，导致公民、法人或其他组织受到损害，那么这些行政机关就是共同被告。
- 在这种情况下，受害人可以向任何一个或所有共同被告提起国家赔偿诉讼。
法律、法规授权的组织：
- 如果法律、法规授权的组织在行使授予的行政职权时实施了侵权行为，导致公民、法人或其他组织受到损害，那么该组织也是国家赔偿的被告。
- 例如，若某行业协会在行使行业管理职权时非法处罚了会员，导致会员受到财产损害，那么该行业协会就是国家赔偿的被告。
三、申请国家赔偿的流程
提出赔偿申请：
- 受害人应当在知道或应当知道其合法权益受到损害之日起两年内，向实施侵权行为的行政机关提出赔偿申请。
行政机关处理：
- 行政机关在收到赔偿申请后，应当在两个月内作出赔偿决定。如果行政机关决定不予赔偿，或者受害人对赔偿数额有异议，受害人可以在收到赔偿决定书之日起三个月内，向人民法院提起诉讼。
人民法院审理：
- 人民法院在受理国家赔偿诉讼后，将依法进行审理，并作出判决。如果判决行政机关承担赔偿责任，行政机关应当履行判决，支付赔偿金。
四、注意事项
时效性：
- 受害人应当在法定的时效期间内提出赔偿申请，否则将丧失请求赔偿的权利。
证据收集：
- 受害人在提出赔偿申请时，应当提供充分的证据证明其合法权益受到损害，以及损害与行政机关的侵权行为之间存在因果关系。
法律程序：
- 受害人应当遵循法定的法律程序提出赔偿申请和提起诉讼，以确保其合法权益得到有效保障。
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