在法院起诉时，若证据保存在单位，可采取以下方式处理，具体需结合证据性质、单位配合程度及法律规定综合判断：

1. 向单位申请调取证据
   若证据由单位保管（如劳动合同、工资记录、考勤表等），可先向单位书面提出调取申请，要求其提供复印件或盖章确认的证据材料。根据《民事诉讼法》第67条，单位有义务配合提供其掌握的证据，否则可能面临法院责令提交或处罚风险。若单位拒绝，可向法院申请调查令，由律师持令调取。

2. 申请法院依职权调取证据
   若证据涉及单位核心利益（如财务账簿、商业秘密）或单位拒不配合，可在起诉时或诉讼中向法院提交书面申请，说明证据与案件的关联性及必要性。法院可根据《民事诉讼法》第67条、第73条，决定是否依职权调取或责令单位提交。

3. 通过公证或第三方机构固定证据
   若证据可能被单位篡改或灭失（如电子数据、监控录像），可提前通过公证处公证或委托第三方机构（如司法鉴定中心）进行证据保全，形成具有法律效力的证据副本，避免诉讼中因证据灭失陷入被动。

4. 利用单位内部程序先行固定证据
   若单位有内部投诉或申诉机制（如劳动争议调解委员会），可先通过该程序要求单位出具书面回复或证据材料，再以该材料作为诉讼证据。此方式既能保留协商痕迹，也可能促使单位主动提供证据。

风险提示：

• 若证据涉及单位商业秘密或个人隐私，需注意保密义务，避免因泄露引发二次纠纷；
  
• 调取证据时需保留书面申请、回执等凭证，证明已履行合法程序；
  
• 若单位拒不配合且法院未依职权调取，可能需承担举证不能的不利后果，需提前评估风险。

建议：根据证据类型、单位态度及案件紧迫性，优先选择协商调取或申请法院介入，必要时结合公证保全确保证据效力。具体操作可进一步向我说明案件细节，以便针对性指导。