结论：公司协商解除劳动关系时，赔偿中的“N”计算基数原则上应按员工生病前12个月的平均工资确定，但需结合具体情况分析。以下是详细说明：

一、法律对“N”计算基数的规定

根据《劳动合同法》第四十七条，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。若员工因脑梗休假一年，期间工资可能低于正常工作水平，此时“前十二个月”的起算点需结合实际情况判断：

1. 若休假期间工资正常发放或按病假工资标准发放：
   若公司按法律规定支付了病假工资（通常不低于当地最低工资标准的80%），则“前十二个月”应包含休假期间，但计算基数可能因病假工资较低而拉低平均值。此时，员工可主张按生病前正常工作期间的工资标准计算“N”，但需提供证据证明休假前工资水平（如工资条、银行流水等）。

2. 若休假期间未支付工资或工资明显不合理：
   若公司未依法支付病假工资，或工资低于正常水平且无合理依据，员工可主张以生病前12个月的平均工资作为计算基数。此时需通过劳动仲裁或诉讼确认公司违法，再要求按实际工资标准补偿。

二、特殊情形下的处理原则

1. 医疗期满后解除劳动关系的合法性：
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工医疗期满后仍不能从事原工作或另行安排的工作的，公司可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿（N）和医疗补助费（通常为6个月工资）。若公司未履行法定程序（如未安排劳动能力鉴定、未协商调岗等），可能构成违法解除，需支付赔偿金（2N）。

2. 协商解除的自愿性：
   若双方协商一致解除劳动关系，赔偿标准可高于法定标准（如N+1、2N等）。但若公司以“协商”为名强迫员工接受低于法定标准的补偿，员工可拒绝并主张法定权利。

三、实务建议

1. 收集证据：

   • 保留劳动合同、工资条、银行流水、病假证明等材料，证明生病前工资水平及休假期间工资支付情况。
     
   • 记录公司提出解除劳动关系的时间、方式及补偿方案，保留书面或录音证据。

2. 协商与仲裁结合：

   • 优先与公司协商，明确要求按生病前工资标准计算“N”，并争取医疗补助费。
     
   • 若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张法定补偿。

3. 注意时效：
   劳动仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。建议尽快行动，避免超过时效。

示例：
假设员工生病前月工资为1万元，休假期间按病假工资标准每月发放4000元，工作年限为5年。若按休假前12个月平均工资计算，“N”为5万元（1万×5）；若按包含休假期间的12个月平均工资计算，“N”可能低于5万元。此时员工可主张按1万元标准计算，并要求公司补足差额。

如有进一步疑问或需具体计算补偿金额，可直接向我咨询。