交通事故赔偿和原单位发工资是否有冲突，主要取决于交通事故是否被认定为工伤以及员工是否需要暂停工作接受医疗。以下是具体分析：

1. 因工发生交通事故

   • 工资支付义务：如果员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，或者在工作时间和工作场所内因工作原因发生交通事故受伤，并且这些伤害被认定为工伤，那么在工伤治疗期间，单位有义务正常发放工资。
   • 法律依据：根据《工伤保险条例》第三十三条，职工因工作遭受事故伤害需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。
   • 支付期限：停工留薪期一般不超过12个月。若伤情严重或情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长期限不得超过12个月。
   • 后续处理：工伤职工评定伤残等级后，将停发原待遇，转而享受伤残待遇。若工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗，则继续享受工伤医疗待遇。

2. 非因工发生交通事故

   • 工资支付情况：如果员工发生的交通事故与工作无关，例如假期外出游玩时发生事故，那么处理方式将依据员工是否履行了正常的请假手续及单位的规章制度来确定。
   • 履行请假手续且符合病假条件：若员工及时向单位请假，并提供了医院的诊断证明等材料，单位应按照病假相关规定支付工资。根据原劳动部《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。
   • 未履行请假手续：若员工未及时向单位请假说明情况，单位可能会按照旷工处理，此时单位有权不支付旷工期间的工资。

总结与建议：

• 对于因工受伤的员工，单位有义务在停工留薪期内支付原工资福利待遇，这是法律明确规定的。
• 对于非因工受伤的员工，工资支付情况则取决于是否履行请假手续及单位规章制度。因此，建议员工在发生交通事故后，及时与单位沟通，了解相关政策和流程，确保自己的权益得到保障。
• 如果员工对单位的处理方式有异议，或者认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律援助或向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁。

在处理此类问题时，请务必遵循相关法律法规，确保双方权益得到妥善保障。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。