如果遭人诬陷有罪并留下了案底，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
了解案底性质与影响：
- 首先，需要明确“案底”通常指的是犯罪记录，它会对个人的社会声誉、就业、出国等方面产生负面影响。但重要的是，如果确实是被诬陷，那么这个案底是不公正的，你有权寻求纠正。
收集证据，证明清白：
- 立即开始收集所有可能证明你无罪的证据。这可能包括监控录像、证人证言、通信记录、交易凭证等。证据的充分性和有效性是后续法律程序中的关键。
- 如果可能，寻找专业的律师或法律机构协助你收集和分析证据，确保证据的合法性和有效性。
申请复查或再审：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，如果你认为原判决、裁定存在错误，可以向人民法院或者人民检察院提出申诉，请求启动复查或再审程序。
- 在申诉过程中，你需要提交详细的申诉材料，包括证据清单、申诉理由等，以证明原判决、裁定的错误性。
寻求法律援助或聘请律师：
- 在整个过程中，寻求专业的法律援助或聘请有经验的律师是至关重要的。律师可以帮助你分析案情，制定合适的法律策略，并代表你与司法机关沟通。
- 律师还可以协助你准备申诉材料，确保你的权益得到充分保障。
关注申诉进展，及时沟通：
- 提交申诉后，需要密切关注申诉的进展情况。与律师保持密切联系，及时了解申诉的受理、审查、决定等各个环节的情况。
- 如果申诉被驳回或未得到满意处理，可以考虑进一步采取法律措施，如向上级法院或检察院提出申诉等。
考虑名誉权诉讼：
- 如果诬陷行为对你的名誉造成了严重损害，你还可以考虑提起名誉权诉讼，要求诬陷者承担民事责任，包括赔偿损失、恢复名誉等。
在采取上述措施时，需要注意以下几点：
- 保持冷静与理性：面对诬陷和案底，保持冷静和理性至关重要。不要采取过激行为或发表不当言论，以免加重自己的法律风险。
- 及时行动：时间对于法律程序来说非常重要。一旦发现自己被诬陷并留下案底，应立即开始采取行动，以免错过最佳的申诉时机。
- 尊重法律程序：在整个过程中，要尊重法律程序，遵守法律法规。不要试图通过非法手段来解决问题，否则可能会加重自己的法律责任。
最后，我想强调的是，法律是公正的，它不会容忍任何形式的诬陷和不公。如果你确实是被诬陷的，那么通过合法的法律程序，你一定能够证明自己的清白，并维护自己的合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。