运输企业综合应急预案未经主要负责人签发，主要违反了《生产安全事故应急预案管理办法》中的相关规定。具体来说：
法规依据：
- 根据《生产安全事故应急预案管理办法》第二十四条第一款的规定：“生产经营单位的应急预案经评审或者论证后，由本单位主要负责人签署公布，并及时发放到本单位有关部门、岗位和相关应急救援队伍。”这一条款明确规定了应急预案需要经过主要负责人签署公布。
法律后果：
- 如果运输企业的综合应急预案未经主要负责人签发，那么该预案在法律效力上可能存在瑕疵。在面临生产安全事故时，如果预案未经过正式签署公布，可能会影响其作为应急响应依据的有效性，进而可能对企业应对事故的能力产生负面影响。
- 此外，根据相关法律法规，企业未按照规定制定应急预案或者未定期组织演练的，还可能面临行政处罚，如责令限期改正、罚款等。虽然直接的法律后果可能并未明确提及“未经主要负责人签发”这一具体情形，但未签署公布的预案显然不符合预案制定和管理的法定要求，因此企业可能因此受到相应的监管处罚。
建议措施：
- 运输企业应严格按照《生产安全事故应急预案管理办法》的要求，制定并经过评审或论证后，由主要负责人签署公布综合应急预案。
- 企业还应定期组织应急演练，确保预案的有效性和可操作性，提高应对生产安全事故的能力。
- 如果企业发现综合应急预案未经主要负责人签发，应立即进行补签，并检查预案的其他内容是否符合法律法规的要求，必要时进行修订和完善。
作为专注于交通事故处理和债权债务领域的律师，我建议运输企业在日常运营中务必重视应急预案的制定和管理，确保预案的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。