结论：用人单位拖欠农民工工资三个月，属于明确的违法行为，农民工有权依法维护自身合法权益。
详细分析如下：
一、法律依据与违法性确认
《中华人民共和国劳动法》第五十条明确规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一条款清晰界定了用人单位支付工资的法定周期和禁止行为，即工资需按月支付，且不得无故拖欠。因此，用人单位只要未按照劳动合同约定的日期支付农民工工资，即构成违法，无论拖欠时长多久。拖欠三个月，显然违反了这一规定。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条进一步规定，用人单位未按照劳动合同的约定或国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的，将面临劳动行政部门的责令限期支付，并可能按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。这一条款为农民工提供了法律保障，确保在工资被拖欠时能够获得相应的补偿。拖欠三个月工资，显然也触犯了这一规定。
二、法律责任与后果
行政责任：劳动行政部门有权责令用人单位限期支付劳动报酬。若逾期不支付，用人单位需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。对于拖欠农民工工资三个月的用人单位，劳动行政部门将依法进行处罚。
刑事责任：若用人单位采取转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬，或者有能力支付而不支付，数额较大且经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成拒不支付劳动报酬罪，将受到刑事处罚。虽然拖欠三个月工资不一定直接构成刑事犯罪，但如果用人单位存在逃避支付或有能力支付而不支付的行为，且数额较大，就可能面临刑事责任。
三、农民工维权途径
面对用人单位拖欠工资的情况，农民工可以通过以下多种途径来维护自身的合法权益：
与用人单位协商：首先尝试与用人单位进行友好协商，要求其及时支付拖欠的工资。这是解决纠纷最直接、成本最低的方式。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，农民工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位进行调查，并根据调查结果责令其支付工资。对于拖欠三个月工资的用人单位，劳动监察部门将依法进行严肃处理。
申请劳动仲裁：若劳动监察部门的处理未能满足农民工的诉求，农民工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。通过仲裁程序，农民工可以要求用人单位支付工资及相应的赔偿。
提起诉讼：若对仲裁结果不服，农民工还可以向人民法院提起诉讼。人民法院将依法审理案件，并作出公正判决，确保农民工的合法权益得到保护。
四、维权过程中的注意事项
在维权过程中，农民工应特别注意收集并保留相关证据，如劳动合同、工资条、工作考勤记录等，以证明用人单位存在拖欠工资的行为。同时，了解相关法律法规和维权途径也是非常重要的，以便更好地维护自身合法权益。
总结与建议：拖欠农民工工资三个月是违法的，农民工应依法维护自身权益。在遇到此类情况时，农民工应保持冷静，积极采取法律手段来追讨欠薪。如果农民工在维权过程中遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将提供专业的法律帮助。