公益性建筑违建的处理需结合违建性质、法律程序及社会影响综合判断，具体处理方式如下：
违建性质认定与法律适用
公益性建筑（如学校、医院、福利院等）的违建处理需首先明确其是否属于“无法采取改正措施消除影响”的情形。根据《城乡规划法》第六十四条，若违建严重违反规划（如占用基本农田、公共绿地或影响消防安全），且无法通过补办手续、整改等方式消除影响，则应限期拆除；若违建对规划影响较小（如超建部分未突破容积率、未占用公共空间），则可能通过罚款、补办手续等方式处理。
法律依据：《城乡规划法》第六十四条、《关于规范城乡规划行政处罚裁量权的指导意见》第四条。
行政处理程序
（1）调查取证：城乡规划主管部门需对违建进行现场勘验、询问当事人，并收集规划许可文件、设计图纸等证据，确认违建事实。
（2）责令改正：若违建可改正，主管部门应发出《责令改正通知书》，要求限期补办手续或整改；若无法改正，则发出《限期拆除决定书》。
（3）强制执行：若当事人未在法定期限内履行拆除义务，主管部门可申请法院强制执行，或依法组织强制拆除（需符合《行政强制法》程序要求）。
关键点：公益性建筑的特殊性可能影响程序推进，例如涉及公共利益时，行政机关需平衡拆除成本与社会影响，可能延长整改期限或调整处罚方式。
公益性建筑的特殊考量
（1）社会影响评估：若拆除公益性建筑将严重影响公共服务（如学校停课、医院停诊），行政机关可能暂缓拆除，要求当事人缴纳保证金并承诺限期整改。
（2）补办手续优先：对符合规划条件但未取得许可的违建，可优先通过补办《建设工程规划许可证》等方式合法化，避免资源浪费。
（3）责任主体区分：若违建由政府主导建设（如临时安置点），需追究具体责任单位或个人的行政责任，而非直接拆除建筑。
案例参考：某地医院因扩建未批先建，行政机关责令其补办手续并罚款，未要求拆除，因拆除将导致医疗资源紧张。
法律救济途径
当事人对违建认定或处罚决定不服的，可依法申请行政复议或提起行政诉讼。法院将审查违建事实是否清楚、程序是否合法、处罚是否适当，尤其关注公益性建筑的特殊性是否被合理考量。
提示：若涉及重大公益项目，建议当事人在行政程序中充分陈述理由，提供社会影响评估报告等证据，争取从轻处理。
总结：公益性建筑违建的处理需兼顾法律刚性与社会柔性，行政机关应优先通过补办手续、整改等方式化解矛盾，仅在严重违法且无改正可能时启动拆除程序。当事人应积极配合调查，必要时通过法律途径维护权益。如有具体案件，可进一步提供细节以便分析。