结论前置：公司对公司借款，钱已到位，由公司盖章但没有法人签字的借款协议，在多数情况下是成立的，但具体还需根据协议内容、公司章程及相关法律规定综合判断。

详细分析：

1. 协议成立的基本要素：

   • 借款协议作为合同的一种，其成立通常需要满足要约、承诺、对价（即借款金额）以及双方当事人的意思表示一致等基本要素。
   • 在公司对公司借款的情境中，公司盖章通常代表了公司的意思表示，即公司同意借款并接受协议条款。

2. 法人签字的作用：

   • 法人签字在合同中通常起到确认公司意思表示、增强合同证明力的作用。然而，并非所有合同都必须有法人签字才能成立。
   • 如果公司章程或相关法律规定未明确要求借款协议必须由法人签字，且协议内容已经公司盖章确认，那么没有法人签字并不必然导致协议不成立。

3. 公司章程与内部规定：

   • 不同公司的章程和内部规定可能对借款协议的签署程序有不同要求。有些公司可能规定借款协议必须由法人签字，而有些公司则可能只要求公司盖章。
   • 因此，在判断借款协议是否成立时，需要查阅相关公司的章程和内部规定，以确定是否有特殊要求。

4. 相关法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，合同成立并不以法人签字为必要条件。只要合同内容合法、双方意思表示真实且一致，合同即可成立。
   • 在公司对公司借款的情境中，如果借款协议已经公司盖章确认，且内容合法、双方意思表示真实且一致，那么即使没有法人签字，协议也是成立的。

5. 实践中的考量：

   • 在实践中，为了增强合同的证明力和避免潜在纠纷，建议借款协议尽量由法人签字或同时加盖公司公章和法人章。
   • 如果确实没有法人签字，但协议已经公司盖章确认，且其他条件均满足合同成立的要求，那么该协议仍然具有法律效力。

法律建议：

• 如果您是借款方或出借方，在签署借款协议时，建议尽量确保协议上有公司盖章和法人签字（或法人授权代表签字），以增强合同的证明力和避免潜在纠纷。
• 如果协议已经签署但缺少法人签字，且您担心协议的效力问题，可以咨询专业律师对协议内容进行审查，并根据律师的建议采取相应措施。
• 在未来的业务往来中，建议在公司章程或内部规定中明确借款协议的签署程序和要求，以规范公司行为并降低法律风险。

可能后果：

• 如果借款协议缺少法人签字但满足其他成立条件，且双方均按照协议履行义务，那么该协议通常会被视为有效。
• 如果因缺少法人签字而导致协议效力受到质疑，且双方因此产生纠纷，那么可能需要通过法律途径解决争议，包括但不限于诉讼、仲裁等。

如有任何进一步的问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。