在员工与公司仲裁期间，剩余工资的发放需分情况讨论，具体如下：

1. 若仲裁事项不涉及工资支付争议
   根据《工资支付暂行规定》第七条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。即使双方存在其他劳动争议（如违法解除、加班费等），公司仍需按劳动合同约定的时间和标准支付剩余工资。若公司单方停发工资，员工可依据《劳动合同法》第三十八条以“未及时足额支付劳动报酬”为由解除合同，并主张经济补偿金。

2. 若仲裁事项直接涉及工资支付争议（如克扣工资、降薪等）
   此时需分阶段处理：

   • 仲裁审理前：公司仍需按原工资标准发放，除非能证明员工存在《工资支付暂行规定》第十六条规定的“给用人单位造成经济损失”情形（需举证损失金额及因果关系），否则不得扣减。
     
   • 仲裁审理中：若公司主张调整工资（如因经营困难），需符合《劳动合同法》第三十五条的“协商一致”程序；若单方降薪，员工可提出异议并要求按原标准支付，仲裁委可能裁决公司补发差额。
     
   • 仲裁裁决后：若裁决支持员工主张，公司需按裁决结果补发工资；若裁决驳回员工请求，则公司无需支付争议部分工资。

3. 特殊情形：公司停业或破产
   若公司因经营困难停业，仍需按当地最低工资标准的80%支付生活费（依据《工资支付暂行规定》第十二条）；若进入破产程序，员工工资属于优先受偿债权（《企业破产法》第一百一十三条），但需以破产财产为限。

操作建议：

• 对员工：保留工资条、银行流水等证据，若公司停发工资，可向劳动监察大队投诉或直接在仲裁请求中增加“支付拖欠工资”的诉求。
  
• 对公司：若确需调整工资，应与员工协商并签订书面协议；若因争议停发工资，需评估法律风险，避免被认定为“恶意拖欠”而承担赔偿金。
  

如有具体案情（如公司停发理由、仲裁请求内容等），可进一步向我说明，我会结合细节分析风险点。