结论：公司仅补缴养老保险、医疗保险，而不补缴其他险种（如失业保险、工伤保险、生育保险及住房公积金）的行为，一般是不合法的。具体分析如下：

1. 五险一金的法定性

根据《社会保险法》和《住房公积金管理条例》，用人单位必须为员工缴纳“五险一金”，包括：

• 五险：养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险（部分地区生育保险已并入医疗保险）；
• 一金：住房公积金。

法律义务：用人单位为员工缴纳五险一金是法定义务，不可选择性缴纳或部分缴纳。若公司仅补缴部分险种，属于未全面履行法定义务，可能面临行政处罚或员工维权风险。

2. 补缴的合法性分析

• 补缴范围：若公司存在漏缴、少缴五险一金的情况，员工有权要求公司补缴全部险种，而非仅部分险种。例如，若公司未缴纳失业保险，员工失业时可能无法领取失业金，损害员工权益。
• 行政责任：社保部门可责令公司限期补缴，并加收滞纳金；逾期不缴的，可能面临罚款（《社会保险法》第86条）。
• 员工维权：员工可通过劳动仲裁或诉讼，要求公司补缴未缴的险种，并可能主张因未缴纳导致的损失（如失业金、生育津贴等）。

3. 员工应对措施

若公司仅补缴部分险种，员工可采取以下步骤：

1. 与公司协商：明确要求公司补缴全部险种，并保留书面沟通记录（如邮件、微信等）。
2. 向社保部门投诉：携带劳动合同、工资流水等证据，向当地社保局或住房公积金管理中心投诉，要求公司补缴。
3. 申请劳动仲裁：若协商或投诉无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁，主张公司补缴五险一金并赔偿损失。
4. 提起诉讼：对仲裁结果不服的，可向法院提起诉讼。

4. 特殊情况说明

• 住房公积金：虽不属于“五险”，但《住房公积金管理条例》同样规定用人单位必须缴纳。若公司未缴纳，员工可向住房公积金管理中心投诉。
• 时效问题：社保补缴一般不受1年仲裁时效限制，但部分地区可能对住房公积金补缴有时效限制（如2年内），需以当地政策为准。

5. 建议

• 保留证据：劳动合同、工资条、社保缴费记录等是维权关键证据，务必妥善保存。
• 及时行动：发现公司漏缴后，应尽快主张权利，避免因拖延导致权益受损。
• 咨询专业支持：若对流程或证据有疑问，可直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细指导。

总结：公司仅补缴部分险种的行为不合法，员工有权要求全面补缴。若公司拒绝，可通过协商、投诉、仲裁或诉讼等途径维权。如有进一步疑问，欢迎随时向我咨询。