结论：证券公司按千分之三收取手续费是否违法不能一概而论，需结合具体业务类型、收费项目及是否履行相关程序综合判断。以下从不同角度展开分析：
1. 股票交易佣金
根据《关于降低证券交易经手费收费标准的通知》及行业惯例，股票交易佣金实行“上限管理+市场调节”机制：
- 法定上限：目前沪深交易所规定，证券公司向客户收取的佣金（含代收的经手费等）不得超过成交金额的千分之三，且不得低于代收的证券交易监管费和证券交易所手续费等成本。
- 市场调节：实际佣金率由证券公司与客户协商确定，多数券商已通过竞争将佣金率降至万分之三至万分之五左右。若证券公司未与客户协商，单方面按千分之三收取，可能涉嫌违反《证券法》关于“公平、合理”原则的规定，但不直接违法（因未突破上限）。
- 例外情形：若客户主动要求按千分之三支付（如大额交易或特殊服务需求），且证券公司已履行明示义务，则可能被认定为合法。
2. 其他业务手续费
若手续费涉及非股票交易业务（如融资融券利息、债券回购、基金申赎等），需分情况判断：
- 融资融券利息：按《证券公司融资融券业务管理办法》，利率由证券公司与客户协商确定，但需在合同中明确约定。若合同约定千分之三的月利率（年化36%），可能因超过LPR4倍（当前约15.4%）被认定为高利贷，但证券融资业务是否适用民间借贷规则存在争议，需结合具体司法实践。
- 基金申赎费：开放式基金申购费率通常为1.5%以下，赎回费率随持有期限递减。若证券公司代销基金时收取千分之三的申购费，需符合基金合同约定及《公开募集证券投资基金销售机构监督管理办法》关于“费用合理”的要求，否则可能涉嫌违规。
- 债券回购交易：交易所债券回购手续费率由交易所制定，证券公司不得擅自调整。若擅自按千分之三收取，则直接违法。
3. 程序合规性
即使手续费率未突破上限或合同约定，证券公司仍需履行以下义务：
- 明示义务：在合同中清晰列明收费项目、标准及计算方式，不得隐含或模糊表述。
- 公平交易义务：不得利用优势地位强制客户接受不合理费用，或通过捆绑销售、虚假宣传等方式变相提高费率。
- 监管报备义务：部分收费项目需向证监会或交易所报备，未经报备擅自收费可能面临行政处罚。
建议
- 核查合同：确认手续费是否在合同中明确约定，且未违反法定上限或行业惯例。
- 比对市场：通过其他券商或公开渠道了解同类业务费率，判断是否显著高于市场水平。
- 投诉维权：若认为收费不合理，可向证券公司投诉或向当地证监局举报，亦可通过诉讼主张返还超额部分。
如有具体业务场景或合同条款需分析，可直接向我咨询。