证券公司另收佣金是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度为您详细分析：

1. 协议约定角度：

   • 若证券公司与客户之间有明确的协议约定，包括佣金比例、收费标准等，且证券公司按照约定执行，在合法合规的框架内进行操作，未存在欺诈、误导等不正当行为，那么这种另收佣金的行为可能是合法的。
   • 例如，客户在开户时签署了相关协议，明确同意了证券公司在特定服务（如提供研究报告、专属投资咨询等）上额外收取佣金，且该佣金比例在合理范围内，那么证券公司的收费行为就是合法的。

2. 行业规范与监管要求角度：

   • 佣金收取应符合相关行业规范和监管要求。监管部门对证券行业佣金标准有一定的指引和约束，以保障市场公平有序。
   • 如果证券公司违反这些规定，超标准或不合理地收取高额佣金，可能涉嫌违法违规。例如，监管部门可能规定了佣金的上限比例，若证券公司收取的佣金超过了这个比例，就可能构成违规。

3. 服务质量与佣金匹配角度：

   • 要考量证券公司提供的服务与收取的佣金是否匹配。若证券公司提供了优质、全面且符合行业水准的服务，在此基础上收取相应佣金，即便数额较大，也具有合理性。
   • 但若服务存在明显瑕疵，如投资咨询建议不准确、交易执行不及时等，却收取高额佣金，则可能引发对其合法性的质疑。客户有权要求证券公司对其收取的佣金提供合理的解释和依据。

法律建议：

• 作为客户，在签署相关协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于佣金收取的部分，确保自己了解并同意相关收费标准。
• 若对证券公司的佣金收取有疑问或不满，可以首先与证券公司进行沟通协商，要求其提供合理的解释和依据。
• 若沟通无果，可以向相关监管部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

可能法律后果：

• 若证券公司未经客户同意擅自另收佣金，或违反行业规范和监管要求收取高额佣金，可能面临监管部门的处罚，如罚款、警告等。
• 同时，客户也有权要求证券公司退还多收的佣金，并可能因此对证券公司的信誉和业务造成负面影响。

综上所述，证券公司另收佣金是否合法，需综合考量协议约定、行业规范、服务质量以及监管要求等多方面因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。