证券公司收取的佣金高于千分之三，可能属于违规乱收费，但需结合具体情形判断。以下从不同角度展开分析：

1. 现行佣金费率上限规定
   根据中国证监会及交易所的现行规则，证券交易佣金实行“上限管理”，最高不得超过成交金额的千分之三（含经手费、证管费等规费）。若证券公司直接以“千分之三以上”的标准收取佣金，且未与客户另行约定或未履行充分告知义务，则涉嫌违反《证券法》《证券经纪业务管理办法》等规定，属于违规行为。

2. 例外情形：个性化协商与透明披露
   若证券公司与客户通过书面协议明确约定佣金标准超过千分之三（例如针对高净值客户或特定服务），且在签约前已充分披露费率构成、计算方式及可能产生的费用总额，同时客户自愿签署协议，则此类收费可能被认定为合法。但需注意：

   • 协议需符合《民法典》中关于格式条款的规定，不得存在显失公平或隐瞒关键信息的情形；
     
   • 证券公司需留存客户同意的书面记录，避免后续纠纷。

3. 违规收费的常见表现

   • 未明示费率：在开户或交易时未以显著方式告知客户实际佣金标准，导致客户误以为费率低于千分之三；
     
   • 单方面调整费率：未经客户同意擅自提高佣金比例；
     
   • 捆绑收费：将佣金与融资融券利息、理财产品销售等业务强制捆绑，变相抬高费率。

4. 投资者维权路径
   若怀疑证券公司违规收费，可采取以下步骤：

   • 核对交割单：通过证券公司APP或官网查询每笔交易的佣金明细，确认实际费率；
     
   • 协商解决：联系客户经理或客服，要求调整费率或退还多收部分；
     
   • 投诉举报：向当地证监局、证券业协会或12386投资者服务平台投诉；
     
   • 法律诉讼：若损失较大，可依据《证券法》第140条（损害客户利益）提起民事诉讼，要求赔偿。

建议：若您遇到此类情况，可先整理交易记录、协议文本等证据，向我进一步描述具体细节（如是否签署过特殊协议、证券公司是否履行告知义务等），我将帮您分析是否构成违规及维权策略。