结论：企业将职工工作的部门转成子公司，并让员工新签劳动关系确认协议，这一行为是否可以签署，不能一概而论，需要从多个角度进行分析。
分析角度一：劳动合同的变更与续签
劳动合同变更：根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同的变更应当遵循平等自愿、协商一致的原则。如果企业将职工工作的部门转成子公司，这实际上是对劳动合同内容的重大变更，包括但不限于工作地点、工作单位、工作内容等。因此，企业应当与员工进行协商，并达成一致意见后，才能变更劳动合同。
新签劳动关系确认协议：如果企业要求员工新签劳动关系确认协议，这实际上是在变更原劳动合同的基础上，重新确立劳动关系。员工在签署前，应当仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受损害。特别是要注意协议中关于工作年限、工资待遇、福利待遇、社会保险等方面的条款，确保与原劳动合同相比没有降低自己的权益。
分析角度二：子公司的法律地位与责任
子公司的独立性：子公司是独立法人，具有独立的法律地位和责任能力。如果员工签署了新的劳动关系确认协议，并与子公司建立了劳动关系，那么员工将与子公司之间形成新的劳动关系，原企业将不再承担与员工之间的劳动关系责任。
权益保障：员工在签署新协议前，应当了解子公司的经营状况、财务状况以及信誉情况等，确保自己的权益能够得到保障。如果子公司存在经营风险或财务问题，员工应当谨慎考虑是否签署新协议。
分析角度三：员工的选择权与权益保护
选择权：员工有权选择是否签署新的劳动关系确认协议。如果员工认为新协议的内容不利于自己，或者对子公司的经营状况、财务状况等存在疑虑，可以选择不签署新协议，并继续与原企业履行原劳动合同。
权益保护：如果员工选择签署新协议，但后续发现自己的权益受到损害，如工资待遇降低、福利待遇减少等，可以根据《劳动合同法》的相关规定，向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
建议：
仔细阅读协议内容：员工在签署新的劳动关系确认协议前，应当仔细阅读协议内容，确保自己的权益不受损害。
咨询专业意见：如果员工对协议内容存在疑虑或不确定的地方，可以咨询专业律师或劳动争议调解仲裁机构的意见，以便更好地维护自己的权益。
谨慎选择：员工在面对企业提出的变更劳动合同或新签劳动关系确认协议的要求时，应当谨慎选择，根据自己的实际情况和利益考虑做出决策。
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