当公司付了款但对方未开具发票时，这确实是一个需要妥善处理的问题，不仅关乎公司的财务合规性，也涉及到税务风险和法律权益。以下是我为您提供的详细解答，希望能帮助您有效应对这一情况。
一、沟通协商
主动联系开票：
- 首先，公司应主动与收款方取得联系，通过电话或邮件等方式，友好且专业地提醒对方开具发票是其法定义务。
- 在沟通时，明确告知付款的时间、金额、业务内容等信息，并要求对方按规定开具相应发票。
- 保留好通话记录或邮件往来作为后续证据，以备不时之需。
发送书面函件：
- 若电话沟通无效，公司可以正式书面函件的形式再次要求对方开票。
- 函件中应详细列明交易情况，包括合同签订时间、货物或服务交付情况、付款凭证等，并明确指出对方不开票的行为违法，限定其在一定期限内开具发票。
- 函件应通过可查询投递状态的方式（如EMS）发送，并保存好邮寄凭证。
二、向税务机关投诉
准备投诉材料：
- 若协商无果，公司可以向税务机关投诉。投诉前需准备充分材料，包括合同、付款凭证（如银行转账记录、支票存根）、沟通记录（电话录音、书面函件）等。
- 这些材料将用于证明交易的真实性及公司已履行付款义务而对方未开票。
选择投诉途径：
- 投诉可以通过当地税务机关的官方网站、纳税服务热线（12366）或直接到办税服务厅进行。
- 投诉时需清晰准确说明被投诉方信息、交易情况及具体诉求。
跟进投诉进度：
- 税务机关接到投诉后会进行调查处理。公司应及时跟进投诉进度，了解调查情况和处理结果。
- 若查实对方存在违规行为，税务机关会依法处罚并督促其为公司开票。
三、法律途径解决
发送律师函：
- 若上述方法均无效，公司可以考虑聘请律师向对方发送律师函。
- 律师函具有专业性和威慑力，能严肃指出对方的违法行为及可能面临的法律后果，敦促其尽快开票。
提起民事诉讼：
- 若对方仍拒绝开票，公司可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。
- 诉讼请求可包括要求对方开票、赔偿因未开票给公司造成的损失（如无法抵扣进项税额导致的多缴纳税款）。
- 在诉讼过程中，公司需承担举证责任，证明双方存在真实交易关系及付款事实。法院会根据查明的事实依法判决，若对方不履行判决，公司可申请强制执行。
四、会计处理与税务风险控制
会计处理：
- 在付款后对方未开具发票的情况下，公司应依据会计准则和税法规定进行妥善处理。
- 对于费用类支出，付款时可借记“其他应收款”，贷记“银行存款”；后续取得发票时，再根据费用性质借记相应费用科目，贷记“其他应收款”。若无法取得发票，则凭合同、付款凭证等资料入账，但需在企业所得税汇算清缴时调增应纳税所得额。
- 对于购买商品或服务且已使用的情况，以及购买固定资产的情况，也有相应的会计处理规定。
税务风险控制：
- 未取得合法有效的发票，相关成本费用可能无法在企业所得税前扣除，导致多缴纳企业所得税。
- 公司应咨询专业税务顾问或会计师，了解如何合理进行税务申报和缴纳，以降低税务风险。
五、预防措施
- 为预防类似情况再次发生，公司应在未来交易中加强合同管理，明确约定开票时间和方式，并保留好所有相关交易记录和凭证。
- 定期对供应商进行评估和审核，确保其合规性和信誉度，从源头上减少风险。
法律依据
- 根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，收款方应向付款方开具发票。因此，公司有权要求收款方开具发票，收款方拒绝开票的行为是违反法律规定的。
综上所述，面对公司付钱但对方未开票的情况，公司应积极采取措施解决问题并保护自身权益。通过沟通协商、向税务机关投诉、采取法律途径以及加强会计处理和税务风险控制等方式，公司可以有效地应对这一挑战。同时，加强预防措施也是降低未来风险的重要手段。