核心结论：村干部主动辞职后，若年终考核被评为“不称职”，需分情况处理，具体如下：

1. 若考核程序合法合规
   根据《村民委员会组织法》及相关地方规定，村干部考核通常由乡镇政府指导、村民代表会议或村民委员会组织评定。若考核程序（如民主评议、公示等）符合法定要求，且“不称职”结论有充分事实依据（如工作失职、群众反映强烈等），则该评定具有法律效力。此时，村干部虽已辞职，但考核结果可能影响其后续待遇（如绩效补贴、荣誉评定等），需接受评定结果。

2. 若考核程序存在瑕疵
   若评定过程未依法履行民主程序（如未召开村民会议、未提前告知评议内容）、未保障村干部陈述申辩权，或评定依据不充分（如仅凭个别意见、无具体事例支撑），则评定结果可能因程序违法被撤销。此时，村干部可向乡镇政府提出书面异议，要求重新核查；若未获解决，可向县级政府申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，主张撤销不称职评定。

3. 若考核结果影响实际权益
   若“不称职”评定导致村干部被追责（如扣发补贴、取消任职资格等），需核实地方性法规是否明确规定此类后果。例如，部分地区规定，村干部连续两年不称职的，可启动罢免程序；但若村干部已辞职，罢免程序自然终止，但可能仍需承担其他责任（如经济责任）。此时，需结合具体规定和评定程序合法性综合判断权益是否受损，并针对性维权。

建议行动步骤：

• 第一步：要求乡镇政府或村委会出具书面考核报告，明确评定依据和程序；
  
• 第二步：核对评定程序是否符合《村民委员会组织法》及地方实施细则（如是否经村民会议表决、是否公示等）；
  
• 第三步：若发现程序违法或依据不足，及时书面提出异议，并保留送达证据（如邮寄回执）；
  
• 第四步：若异议未获回应，可依法申请行政复议或提起行政诉讼（需在知道评定结果之日起60日内申请复议，或6个月内起诉）。
  

温馨提示：村干部考核涉及基层民主程序，法律对程序合法性要求严格。若对评定结果有疑问，建议尽快收集相关证据（如会议记录、评议表、群众意见等），以便后续维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。