结论：在肇事者被判定主责、您次责，但协商赔偿时肇事者不愿意赔偿的情况下，您决定起诉是合理且可行的途径。以下是从多个角度为您详细分析：
一、法律背景与依据
交通事故责任认定：
- 交通事故责任认定书是处理交通事故的重要证据，它明确了事故双方的责任比例。在此案例中，肇事者被判定为主责，意味着其应承担主要的赔偿责任。
赔偿原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在交通事故中，肇事者因其过错导致您受损，应依法进行赔偿。
- 赔偿范围通常包括医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费，以及因伤致残的残疾赔偿金、残疾辅助器具费、被扶养人生活费，还有因康复护理、继续治疗实际发生的必要的康复费、护理费、后续治疗费等。
二、起诉流程与建议
准备证据：
- 收集并整理所有与事故相关的证据，包括交通事故责任认定书、医疗记录、费用单据、证人证言等。这些证据将用于证明肇事者的过错以及您因此遭受的损失。
撰写起诉状：
- 起诉状应明确列出原告（您）、被告（肇事者）的基本信息，诉讼请求（即您希望法院判决肇事者赔偿的具体金额和项目），以及事实和理由（即事故发生的经过、责任认定情况、您的损失情况等）。
提交法院并等待受理：
- 将起诉状及相关证据提交至有管辖权的人民法院，并缴纳诉讼费。法院在审查后，如果认为符合起诉条件，将会受理案件。
参与庭审并等待判决：
- 在庭审过程中，您需要出庭陈述事实、提供证据，并回答法官和对方当事人的提问。法院将根据双方提供的证据和法律规定，作出判决。
执行判决：
- 如果判决肇事者赔偿，但肇事者拒不履行，您可以向法院申请强制执行。法院将采取一系列措施，如查封、扣押、拍卖肇事者的财产等，以确保您的权益得到实现。
三、可能遇到的法律后果与应对
肇事者可能提出的抗辩：
- 肇事者可能会提出各种抗辩理由，如认为责任认定不公、赔偿金额过高等。对此，您需要准备充分的证据来反驳其抗辩，并坚持自己的诉讼请求。
调解与和解的可能性：
- 在诉讼过程中，法院可能会组织双方进行调解或和解。如果双方能够达成一致意见，可以签订调解协议或和解协议，并由法院制作调解书或裁定书予以确认。这有助于快速解决纠纷，减少诉讼成本和时间。
诉讼风险与成本：
- 诉讼存在一定的风险和成本，如诉讼费、律师费、时间成本等。因此，在决定起诉前，您需要充分评估自己的经济能力和诉讼风险承受能力。如果条件允许，可以聘请专业律师协助您处理诉讼事务，以提高胜诉率和效率。
最后建议：在处理此类交通事故赔偿纠纷时，建议您保持冷静和理性，积极收集证据并准备起诉材料。如果遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和帮助。