针对行政案件当事人不配合案件调查造成立案时间超期的情况，可以采取以下措施来应对：

1. 依法采取强制措施或协助调查手段：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关行政法规，行政机关在调查取证时，有权要求当事人提供必要的协助。若当事人无正当理由拒不配合，行政机关可以依法采取强制措施，如查封、扣押等，或者请求公安机关协助调查，以确保调查工作的顺利进行。
   • 在实际操作中，行政机关应详细记录当事人不配合的情况，包括时间、地点、具体行为等，作为后续处理或可能的法律程序的证据。

2. 延长立案期限的合法程序：

   • 若因当事人不配合导致立案时间可能超期，行政机关应依据相关法律法规，如《中华人民共和国行政处罚法》中关于立案期限的规定，及时向上级机关或相关部门申请延长立案期限。
   • 申请延长时，需详细说明延长的原因、必要性以及预计的延长时长，并附上相关证据材料，如当事人不配合的记录、调查进展情况等。

3. 对当事人不配合行为的法律后果告知：

   • 行政机关在调查过程中，应明确告知当事人不配合调查的法律后果，包括可能面临的行政处罚、法律责任等。
   • 通过书面通知、口头告知等方式，确保当事人了解其行为的严重性和可能带来的不利后果，从而促使其积极配合调查。

4. 考虑其他法律途径：

   • 若当事人持续不配合，且其行为已构成妨碍公务等违法行为，行政机关可以依法向公安机关报案，由公安机关依法处理。
   • 同时，行政机关也可以考虑通过行政诉讼等法律途径，请求法院强制当事人配合调查或确认相关事实。

5. 加强内部管理和监督：

   • 行政机关应加强对调查工作的内部管理和监督，确保调查程序合法、合规，避免因程序瑕疵导致立案时间超期。
   • 定期对调查工作进行评估和总结，及时发现并纠正存在的问题，提高调查工作的效率和质量。

在处理此类情况时，还需注意以下几点：

• 保持程序合法性：无论采取何种措施，都必须确保程序合法，避免侵犯当事人的合法权益。
• 注重证据收集：详细记录当事人不配合的情况，收集相关证据，为后续处理或法律程序提供有力支持。
• 加强沟通协调：与当事人保持沟通，解释调查的必要性和重要性，争取其理解和配合。同时，与上级机关、相关部门保持协调，确保调查工作的顺利进行。

若您在处理此类行政案件时遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。