行政机关立案时间超过法定时间的，当事人可以采取以下措施来维护自身权益：

1. 向行政机关提出异议或申请复议
   当事人可以直接向作出立案决定的行政机关提出书面异议，要求其说明超期立案的理由，并请求其依法履行职责。若行政机关未予回应或回应不合理，当事人可进一步向该行政机关的上级部门或同级政府申请行政复议，请求撤销原立案决定或责令其重新作出立案决定。

2. 提起行政诉讼
   若行政机关超期立案的行为对当事人的合法权益造成了实际影响，当事人可以向人民法院提起行政诉讼。在诉讼中，当事人可以主张行政机关超期立案属于程序违法，请求法院确认该行为违法，并要求行政机关承担相应的法律责任。法院在审理此类案件时，会重点审查行政机关是否在法定期限内履行了立案职责，以及超期立案是否对当事人的权益造成了实际损害。

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

• 保留证据：当事人应妥善保存与行政机关立案相关的所有文件、通知、回执等证据，以便在提出异议、申请复议或提起诉讼时能够证明行政机关超期立案的事实。
• 关注时效：当事人提出异议、申请复议或提起诉讼的时效是有限的，应在法定期限内行使相关权利，以免丧失救济机会。
• 寻求专业帮助：由于行政法律程序相对复杂，当事人在处理此类问题时可以寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。