行政处罚超过立案15日期限并不必然导致程序违法，但需结合具体情形判断程序合法性及后续处理方式。具体分析如下：

1. 法定立案期限的适用范围与例外
   根据《行政处罚法》第五十四条，行政机关在发现违法行为线索后，一般应在15日内决定是否立案。但需注意：

   • 例外情形：若案件涉及复杂事实认定、跨区域协作、需要专业鉴定（如环境损害评估）或涉及重大公共利益，经行政机关负责人批准，立案期限可适当延长。此时需留存书面审批记录，否则可能构成程序瑕疵。
     
   • 特殊领域规定：如《市场监督管理行政处罚程序规定》第十八条明确，检验、检测、鉴定等期间不计入立案期限，但需在期限届满前书面告知当事人。

2. 超期立案的法律后果与救济路径

   • 程序瑕疵的补正：若超期立案但未影响当事人实体权利（如未导致证据灭失、无法充分陈述意见），行政机关可通过补正程序（如补充说明超期原因）维持处罚效力。
     
   • 程序违法的认定：若超期立案且无合法理由，或导致当事人无法及时行使陈述、申辩权，可能构成《行政诉讼法》第七十条规定的“违反法定程序”，法院可判决撤销或部分撤销处罚决定。
     
   • 当事人救济方式：
     
     • 行政复议：在知道处罚决定之日起60日内，向上一级行政机关申请复议，主张程序违法要求撤销处罚。
       
     • 行政诉讼：在知道处罚决定之日起6个月内，直接向法院起诉，重点举证超期立案对自身权益的影响（如无法收集反证、错过听证机会等）。

3. 实务建议

   • 对行政机关：
     
     • 严格遵守立案期限，确需延长时及时履行审批手续并告知当事人；
       
     • 完善案件登记制度，留存超期立案的合理说明（如案件复杂性、技术鉴定需求等）。
       
   • 对当事人：
     
     • 若认为超期立案影响权益，可在行政程序中提出书面异议，要求行政机关说明理由；
       
     • 在复议或诉讼中，重点围绕“超期是否导致程序实质不公”进行举证（如超期期间关键证据灭失、无法联系证人等）。

提示：行政处罚程序的合法性需结合具体案情判断，若涉及超期立案问题，建议提供处罚决定书、立案通知书等材料，以便进一步分析程序瑕疵的严重性及对实体结果的影响。