针对您提出的“立案超期怎么处理案件”的问题，这确实是一个涉及法律程序和时效性的重要问题。我将结合相关法律法规和司法实践，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，立案超期的情况在行政处罚和刑事案件中都有可能出现，但处理方式有所不同。

一、行政处罚案件中的立案超期处理

在行政处罚案件中，如果行政机关对相对人的违法行为立案后，严重超过法定期限作出行政处罚决定，这通常构成程序违法。根据《行政处罚法》和相关司法解释的规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定（法律、法规、规章另有规定的，从其规定）。如果无正当理由超出法定期限，即构成程序违法。

对于超出法定期限作出行政处罚决定的合法性及效力问题，法律未作明确规定，但司法实践中通常会结合以下因素进行综合判断：

1. 超过处理期限的时间长短：这是判断超期严重程度的重要依据。
2. 违法行为的性质、情节、社会危害程度：这些因素会影响对超期处罚的合理性和必要性的评估。
3. 超过处理期限的原因与责任：如果是因为行政机关的怠于行使职权或故意拖延导致的超期，那么处罚的合法性会受到更大质疑。
4. 是否存在第三人，是否影响公共利益与他人合法权益：这些因素会影响对处罚撤销后可能产生的社会影响的评估。
5. 相对人是否存在欺骗、贿赂等不正当手段逃避行政处罚或者不配合行政机关调查取证：如果相对人存在这些行为，可能会影响对超期处罚的合法性的判断。

根据司法实践，对于行政处罚严重超期的情况，如果处罚时稳定的社会秩序已经形成，且不再属于程序轻微违法或者一般违法情形，人民法院宜判决撤销行政处罚。但是，如果撤销会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的，则不得判决撤销。

二、刑事案件中的立案超期（追诉时效）处理

在刑事案件中，立案超期通常指的是已过追诉时效的情况。根据《刑法》的规定，犯罪经过一定的期限后不再追诉。这个期限根据犯罪的法定最高刑来确定，分为四个档次：5年、10年、15年和20年。如果20年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准。

对于已过追诉时效的案件，检察院应当不予立案，或者立案后查明已过追诉时效的，应当撤销案件。这是为了保障法律的公正性和权威性，避免对已经失去社会危害性的犯罪行为进行不必要的追诉。

总结与建议

1. 对于行政处罚案件：如果行政机关严重超期作出处罚决定，您可以向人民法院提起诉讼，要求确认处罚违法或撤销处罚。人民法院会根据具体情况进行综合判断，并作出相应的判决。
2. 对于刑事案件：如果案件已过追诉时效，检察院应当不予立案或撤销案件。如果您认为案件应当追诉但已过时效，可以向检察院提出申诉或建议，但最终决定权在检察院。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。