针对您提出的“案件超期延期后怎么处理”的问题，这主要涉及到行政处罚案件中的办案期限以及超期后的法律后果。以下是我为您提供的详细解答：
一、办案期限的基本规定
一般规定：
- 根据《行政处罚法》的相关规定，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。法律、法规、规章另有规定的，从其规定。
- 对于治安案件，根据《治安管理处罚法》的规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。
特殊规定：
- 在办理案件过程中，为了查明案情进行鉴定的期间、听证的期间等，不计入办理案件的期限。
- 新修订的《治安管理处罚法》（虽尚未施行，但可作参考）进一步明确，办理治安案件的最长期限为90日，且期限延长以二次为限。
二、超期延期的法律后果
程序违法：
- 无正当理由超出法定期限作出行政处罚，即构成程序违法。
- 超期的严重程度需结合超过处理期限的时间长短、违法行为的性质、情节、社会危害程度等因素进行综合判断。
法律判决：
- 轻微超期：如果行政处罚轻微超期，且对原告依法享有的听证、陈述、申辩等重要程序性权利不产生实质损害的，人民法院可能判决确认行政处罚违法而保留其效力。
- 严重超期：对于行政处罚严重超期，且因处罚时稳定的社会秩序已经形成，其不再属于程序轻微违法或者一般违法情形的，人民法院宜判决撤销行政处罚。
- 特殊情况：如果行政处罚虽然存在严重超期，但依法应予撤销的处罚会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的，则不得判决撤销。
三、处理建议
对于行政机关：
- 应严格遵守办案期限的规定，确保及时、公正地作出行政处罚决定。
- 如因特殊情况需要延长期限的，应依法履行审批手续，并及时告知当事人。
对于当事人：
- 如果认为行政机关超期作出行政处罚决定侵犯了自己的合法权益，可以依法向人民法院提起行政诉讼。
- 在诉讼过程中，应提供相关证据证明行政机关的超期行为以及该行为对自己造成的损害。
对于人民法院：
- 在审理行政处罚超期案件时，应综合考虑各种因素，包括超期的严重程度、违法行为的性质、情节、社会危害程度等，依法作出公正判决。
- 对于审判过程中发现的行政机关怠于行使职权而导致的超期处罚，人民法院可将违法违纪线索依法向有关部门移送。
综上所述，案件超期延期后的处理需根据具体情况进行综合判断。行政机关应严格遵守办案期限的规定，当事人应依法维护自己的合法权益，人民法院则应依法公正审理案件。希望以上解答能对您有所帮助。